都无法放进去，让人简直无法理解印加人是究竟如何把他们拼接在一起的。
但强大的帝国为什么要建设这样一座空中城堡？
建筑位置和难度都是当时的生产力水平无法承载的负担，而印加的统治者为什么会选择这里建设城堡呢？是为了防御，为了最后的退守，还是为了生产？
多少年来，考古学家对这个神奇的古城产生了众多的猜想。最有说服力的猜想是，“祭奠神灵。”
印加人崇拜太阳，太阳神是他们最重要的神灵，印加王都自称为“太阳之子”。选择这样高的位置建设如此规模的一座城，为的只是和太阳更近一些。
现代考古学者推断，马丘比丘并不是普通的城市，而是一个举行各种宗教祭祀典礼的活动中心。平时有一些人居住在这里照料寺庙和祭坛，大部分人要到宗教节日才到这里来。
考古学家在城中发现的头骨中，绝大多数是女人的头骨，他们推断这些都是为了敬献给太阳神的祭品。
不过，也有人认为，古城和地震有关。秘鲁是一个地震不常发生的国家，而印加人建造马丘比丘的目的就是抵御地震。古城修建所使用的砖是经过非常精确的切割的，堆砌的非常紧密，这就是为什么马丘比丘和其他印加遗址到现在还屹立不倒的原因。但这个全用巨石建成的印加古城，见不到灰浆的痕迹，在那个荒蛮的时代，达到如此的工艺水平是一个谜。更重要的是那些20吨重巨石，古印加人从哪里用什么方法搬来的？在崎岖狭窄而危险的山脊上，把巨石运上山巅几乎没有可能！
虽然印加人不使用圆形，但却利用了斜坡，据信他们让成千上万的工人，推着石块爬上斜坡。可惜的是印加人并未掌握文字的技巧，而没有留下任何描述文字。但秘鲁科学家认为印加人并没有在悬崖峭壁上搬运巨石，而是在山巅就地取材的。他们在选定的山巅就地采集岩石制作砌块，在山顶开出了一片九万余平方米的开阔平地，垒筑古城。然后把剩余的石块、碎砾全部扔下了山崖，在山巅留下了这座奇迹般的古城。
但逝去的印加古城实际上并不叫马丘比丘。事实上，宾汉姆当时是在寻找比尔卡班巴古城。比尔卡班巴古城是一个隐秘的首都，在1532年西班牙征服后被印加人当做避难所。宾汉姆用尽一生寻找比尔卡班巴古城，当他看到壮观的遗址后，考古学家无法得知它的原始名字，于是借用了附近一座山名，称其为“马丘比丘”。但它就是那个逝去的印加古城。
关于印加古城的悬案和猜想还有很多，比如他们为什么会消失？
印加帝国是一个农业国家，几乎每个公民都以务农为主。他们精心打造梯田种植农作物，随着人口的日益增长，为了满足食物供给，人们在山坡上逐层开辟新的梯田。
1532年，印加帝国正当全盛期，拥有600万国民，掌握了当时先进的有色金属冶炼、加工技术，能制造出一流的冷兵器，还有像马丘比丘那样险要的城堡可坚守。
可是，数百名西班牙殖民者闯入印加帝国后，在短暂的时间内帝国消亡，马丘比丘的印加文明失落了。据口传历史记载的阴谋、谎言等卑鄙伎俩，让史学家推断部族之间自相残杀，势力削减，使偌大的帝国就此消亡。
而真正的原因却一直是一个谜。
不过，史学家还是大致拼凑出印加帝国失落的原因：1531年，法兰西斯克·皮泽洛和180名士兵在南美洲的太平洋沿岸登陆。他们带来了火枪、马，同时也带来了欧洲的疾病，而印加帝国的居民对此毫无抵抗力，在遭受了天花瘟疫、流感等疾病的沉重打击后，印加国王也死于瘟疫中。国王死后，他的两个儿子为了争夺皇位而挑起了内战。阿塔瓦尔帕是其