的义军首领严拭率主力前来，但严拭却迟迟不至。于是，金镶独自带着四百余人前往江阴。
刘良佐得知常熟义军来援后，十分紧张，将他手下的三千兵马几乎全部调往江阴东南进行阻击。清军在江阴东南的周庄镇设下埋伏。常熟义军分为前后两队行军，他们来到周庄镇后即遭到清军猛烈炮击。义军碎不及防，前队二百多人全部战死。金镶见无法取胜，只得率义军后队退回了常熟。
这样，江阴城中苦苦等待的外援就彻底断绝了。
到七月初一日，刘良佐所部已经基本肃清了城外的反清势力，使得“乡兵断绝”，江阴义军被死死地困在城中。于是，清军开始攻城。城中义军虽人数众多，也不乏武器，但由于缺少组织与训练，只是一盘散沙，如果没有得力的指挥，很难长期坚持。
就在这形势极其不利的时候，初五日，义军主帅陈明遇遣人缝城而出，将住在城外的原江阴县典史阎应元请入城中，主持军事。
阎应元出身武生，明末曾平定过小规模的海盗、“盐盗”团伙，颇知兵事。他入城后，即开始调兵遣将安排守城。他将城中义军分派到四个城门，分区防守。每二十人防守一个城垛，以十人为一队，轮流休息。生火做饭、传递砖瓦等后勤任务安排专人负责。
红夷炮、油灯、砖石等物也妥善分配，保障供给。这样，城中义军初步具有了规军的特点，号令严明，各自分工明确，井井有条，战斗一力有了很大提高。阎应元的守城布置成为江阴城得以坚守两个月之久的关键因素。
从十一日起，刘良佐所部开始猛攻北门。清军起初并没有将火炮作为攻城的主要武器，进攻之前只是草草地“放炮呐喊”，紧接着就用步兵逼近，架浮桥渡过护城河，再搭云梯登城。用的还是冷兵器时代传统的人海战术。
这可能与刘良佐所部缺乏大威力的红衣炮有关，在没有攻城利器的情况下，他们只能选择用肉搏的方式冲入城中。然而，北门是城中义军布防的重点区域，阎应元亲自负责这里的作战，江阴城内义军防守严密，炮石俱下。清军数次强攻均告失败。
十五日，刘良佐又转攻城东北部，这次他采用了挖掘城墙的战术。清军逼近城墙，“设三层牛皮帐，中设九梁八柱，矢石投之，皆反越不能入”，而士兵们就躲在牛皮帐下挖掘城墙。城中守军则“取人粪和以桐油，煎滚浇下”。牛皮帐顿时被浇破，里面的清军或惨死，或仓皇而逃。
刘良佐见步兵强行攻城难以奏效，就调来火炮轰击北门，“彻夜不息”。①一时城墙被轰坍数丈，但阎应元指挥石匠又将其及时修复。义军“用铁叶裹门板，贯铁短护之取空棺材，贯以土，障颓处”。清军火炮威力有限，对此也无可奈何。
江阴义军的火器并不逊于刘良佐所部。据记载，当时城中共有“火药三百瓮，铅弹子千石、大炮白位、鸟机千张”。这些数字可能有所夸大，但从双方交战的情况来看，义军的火炮给城外的清军造成了很大的威胁。
七月十五日，城北君山上的清军因遭到义军火炮的攻击，不得不移营而去。刘良佐数千兵马围攻江阴近一月而毫无进展，使得清军必须再调兵前来增援。起初，多铎对江阴不够重视，以为单凭刘良佐的军队就能解决这些“乌合之众”。
闰六月中旬，江南多处地方军情紧急，多铎派贝勒博洛率领南京的部分八旗军派往他认为最急需兵力的苏州一带防守，又将李成栋等降将派往吴淞、太仓等地，一时也没有多余的人马可以调往江阴。直到七月上旬，到达苏州的八旗军相继攻克了昆山、常熟两城，镇压了当地的反清活动。
这时的多铎终于能够腾出手来解决江阴问题。七月初六日，博洛率领部分八旗军用红衣大