村故自若，传令愈严，人愈惊恐”，县城周边开始出现大批“揭竿团聚”的民众武装。
丹阳诸生贺向峻，在清军渡江后逃入金坛以南长荡湖中的大坏山，“聚众千人”，坚持抗清。勺。闰六月初九日夜，贺向峻率部来到金坛，并一度攻入城中，烧毁县衙，“杀新垂及练兵于关帝庙……抢劫兵械、库藏，远近大震”。
不久之后，他再次率众一前来，将县城包围，并猛烈攻打北关，试图破城。金坛知县胡延年星夜逃往镇江求援。镇江总兵马得功随后派出一些士兵随胡延年前往金坛解围。在此之前，丹阳境内也出现了被清当局诬称为“金沙湖寇的金坛义军的活动。
丹阳与南京相去不远，这里的反清势力自然是南京城中的多铎首先要打击的对象，他立即派刘良佐前往月一阳镇压。刘良佐所部击退抗清武装后，乘机在月阳城以东的窦庄等地大肆掳掠。
当胡延年等人率军由镇江赶赴金坛时，在途中遇到了正率军返回南京的刘良佐。刘良佐遂率手下的“三千骑”与之一同前往金坛解围。
清军赶到金坛城下后，很快就击退了贺向峻的围城武装。刘良佐率军暂时屯于县城外的演武场，几天后就离开了金坛。刘良佐走后，贺向峻率部再次来到金坛，攻打西城。胡延年打开城门，派兵迎战，并调骑兵从两翼冲击。
义军不敌清正规军的袭击，大败而逃。
贺向峻被清军俘虏后杀害。另一义军首领康三锡率残余人马退入金坛以西的方山。后来，康三锡投降，胡延年派兵由小道上山，剿灭了这支反清武装。川在镇压了丹阳、金坛两地的反清活动后，多铎又将刘良佐所部调往江阴。在闰六月初二日江阴百姓举兵守城后，清常州知府宗颧即派兵三百前去镇压，结果这些人在秦望山下被当地百姓全歼。
初六日，宗濒再次派出千余人马由常州前往江阴。江阴义军虽系临时组织起来的百姓，缺乏训练，“阵伍散乱，进退无节”，但毕竟人多势众，混战起来不会处于下风。此外，江阴城中原有明朝将领留下的弓弩、大炮、火药等武器，都被义军取出使用，使其战斗力大为增强。
宗濒派来的清军人数有限，又没有携带火炮等攻城装备，他们与江阴义军在城外交战数次，并未占到什么便宜。剃发令下后，常州城外也是乡兵四起。来自卜弋、孟河等地的乡兵还曾经分别从西南、东北两个方向前来攻城。
宗濒等人自顾不暇，根本无力继续调兵增援江阴。于是，多铎派刘良佐所部前去江阴镇压。闰六月二十一日，刘良佐所部抵达江阴城下。江阴义军出城迎战，被刘良佐击败，退入城中。刘良佐所部“历东门自北门，列十六营围城”`。
然而，刘良佐的兵马只有三四千左右，即使加上城外原有的千余清军，兵力也十分有限，还没有站稳脚跟，尚不敢贸然攻城。
清军首先在江阴城外大肆焚掠，试图先消灭城外的反抗武装，孤立县城，迫使其不战自降。二十一日，刘良佐所部放火焚烧东城，并分兵略北门外，江阴乡兵试图抵抗，双方互有杀伤，清军暂时退走。二十三日，清军继续在城北城东一带袭扰。
由葛辅弼父子率领的一支五百余人的乡兵队伍，准备前往城中增援，却在城东的三官殿一带遭遇清军，全军覆没。其后的几天里，清军将大营扎到了江阴城北门外的制高点君山，并继续“烧掠四城民居，昼夜不绝”。卯二十四日，刘良佐命人将劝降书射入城中，但遭到了守城义军的断然拒绝。而城中乡兵们见形势危急，纷纷逃出城外，遭到了刘良佐所部的追杀，死伤惨重。
闰六月底，常熟诸生金镶见江阴义军正陷入苦战，打一算前去增援。他招募了壮士四百余人，先屯于城外的沙山，等候常熟城中