系非浅，因此必须清查。接着说了清理的政策，地方凡有亏空，限三年之内如数补足，如限满不完，从重治罪。
清理令下之后，从中央到地方都动了起来。在户部查明亏空二百五十万两，雍正帝责令该部历任堂官、司官和部吏赔偿一百五十万，另一百万由户部逐年弥补。内务府官员李英贵等人冒支正项钱粮百余万两，雍正帝抄他们的家产来抵偿。
地方上的清查，在雍正元年普遍开展起来，当年被革职查封家产的地方大员很多，其中有湖广布政使张圣弼、湖南按察使张安世、江苏巡抚吴存礼、布政使李世仁、江安粮道王舜。原山西巡抚苏克济被人告发贪赃四百五十万两，雍正帝抄没其家产外，责令其家人赵七帮助赔补二十万两。
严厉的清查，经过三年，取得相当效果，中央的清理基本结束，一些省区，如直隶、河南、山西等省弥补了亏空。有些省份虽也获得一些效果，但虎头蛇尾，企图草草了结。雍正帝对此极为不满，下令展限三年，务期彻底搞清，否则重治督抚之罪。
而火耗归公则是一种开源的手段：
火耗是地方官征收钱税时，会以耗损为由，多征钱银。
雍正二年七月推广全国，将明朝以来的“耗羡”附加税改为法定正税，并制度养廉银，用意在打击地方官吏的任意摊派行为。此举集中了征税权利，减轻了人民的额外负担，增加了外官薪给，对整顿吏治、减少贪污有积极作用。但州县于额征火耗之外，又暗中加派，未能从根本上改善吏治。
火耗是明代张居正实施一条鞭法后，赋税普遍征银，百姓所缴的银子由于纳税量不太多，大多以小块的碎银为主，各州县衙府汇总上缴国库时，要将碎银熔炼成大块，在碎银熔炼过程中发生的损耗，州县官吏要求百姓补足，于是在应缴税银之外，纳税人还要多缴一些，这多缴的部分就叫“火耗”，用来补偿熔炼碎银损耗和运输费用。
清初，征收火耗比明代有过之而无不及，据文献记载，康熙后期各省征收火耗一般省份达到三四钱，最高的达到七八钱，百姓不堪重负。清代火耗征派量加大，除地方官吏贪得无厌，借火耗之由巧取豪夺外，还与清初官员实行低薪制度、允许地方官吏加征火耗补其不足有关。
清初，一般知县年俸仅45两，远远不够养家糊口、聘用师爷、贿赂上司、迎来送往的开销，唯一的办法就是从火耗征收上打主意，火耗也就越征越多。州县官吏对多征的火耗也不也独吞，他们还要给知府、道员、按察使、布政使、巡抚、总督及其管家、门客送礼，而地方官员则要给中央衙门和大臣个人送礼。
火耗的狂征，一方面腐蚀着整个官僚队伍，另一方面，加重着人民的负担，同时也影响了国家税收的增长，.导致财政亏空滥征火耗，侵蚀税收，动摇国本，危害极大。康熙前期曾昭令禁止州县官吏私征火耗，但由于地方官员的反对和抵制，屡禁不止，朝廷也就默许了。到雍正时雍正果断决定：各省将所征火耗提解归公，另外发放养廉银作为官员的财政补贴。
火耗归公制度的改革，收到了明显的成效：一是加强了中央集权，削弱了地方财权，一向由地方支配的火耗收入转为中央集中控制和管理，增加了地方政府对中央的依赖程度；二是遏制了地方官吏私自滥征加派的歪风，澄清了吏治。养廉银促使地方官吏大大减少了腐败作为。三是减轻了百姓负担。四是大幅增加了中央财政收入。
但是********在当时的效果事实上不算明显。
雍正年间，养廉银制度还处于探索阶段，各地官员养廉银数额差别较大且多有变更，如云南巡抚养廉银初定为17000两随后又减到12000两，继而又减为10550两；四川巡抚