各府、州、县所上收支账簿进行审计，各地方官府每年派官吏到户部上报财政收支情况，经户部审核无误后，才准许报销。因很多地方远离京城，为了减少来回奔走的麻烦，各地负责上报收支情况的官吏都习惯带着预先盖上官印的空白文册到户部，如遇驳回即改正。
这种“先署印而后书”的上报方式本是明初惯例，“有司相沿莫之正”，一些户部官员与地方官府勾结，利用这些盖过官印的空白文册填上虚假支出数据，趁机侵吞钱粮，中饱私囊。洪武十五年，朱元璋发现这一情况后，“以为欺罔”，马上下令查办。将各地官府管印的官吏全部处死，副官打百棍充军边疆，凡署名者均抓捕入狱。此案被处死者有数百人，入狱和充军边疆者不计其数。
郭桓案发生在洪武十八年。郭桓是户部侍郎，他和北平承宣布政使司、提刑按察使司官吏李彧、赵全德等相互勾结，组成贪污团伙，盗官粮700余万石。
洪武十八年案发后，朱元璋“敕法司拷讯供词”，发现郭桓等人除贪污公粮外，还侵吞了大量国库物资，折合粮食达2400万石。通过进一步追查，六部一些官员和很多地方官也牵连其中，朱元璋将主犯统统处死，受牵连入狱者达数万人。
朱元璋恨不得杀尽天下贪官，他说：“此弊不革，欲成善政，终不可得。”只要是贪污，不管涉案者官有多高，朱元璋处理时都不会心慈手软。
洪武十六年，刑部尚书开济接受一死囚家人贿赂，令郎中仇衍为其开脱死罪。他还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家20口人全部自杀的悲剧。他的不法行为被一狱官告发，开济和刑部侍郎******、刑部主事王叔征把该狱官抓起来，杀人灭口。
此事被监察御史陶垕仲发现并上报朱元璋，朱元璋大怒，将开济、******、仇衍等人处死。
即使是开国功臣，如果有不法行为，朱元璋也严惩不贷。永嘉侯朱亮祖勇悍善战，立下许多战功。但此人不学无术，在奉诏出镇广东时“所为多不法”。洪武十三年，番禺知县道同把当地一个土豪抓起来，其他土豪行贿朱亮祖，请求他把被抓的土豪放了。朱亮祖宴请道同，要求道同释放土豪。道同厉声说：“公大臣，奈何受小人役使！”
朱亮祖说不动道同，竟亲自把土豪放了。
朱亮祖还纳富民罗氏女为妾，罗氏兄弟怙势为奸，被道同抓起来，朱亮祖又把他们放了。道同愤愤不平，上奏揭发朱亮祖的不法行为，其奏未至京城，而朱亮祖弹劾他对上司无礼的奏章先到，朱元璋不知内情，派使者诛杀道同。
后来见到道同的奏章，才了解真实情况。他觉得道同职位低下，敢揭发大臣不法之事，一定是骨鲠之臣，便派使者赦免道同。但后派的使者到达番禺时道同已被杀。
朱元璋对朱亮祖诬奏道同非常不满，气愤异常，马上召朱亮祖与其子朱暹进京，用皮鞭把朱亮祖父子打死。
在用重典惩治贪官的同时，朱元璋还大力表彰反贪功臣和奖励举报。洪武九年，福建参政魏鉴、瞿庄“笞奸吏至死”，朱元璋赐玺书嘉奖。
洪武十九年七月，苏州知府王观“治奸吏至死”，朱元璋派使者前往慰劳。常熟县陈寿六等三人把贪官顾英绑至京师面奏，朱元璋当即予以重赏，并警告地方官吏不得对陈寿六等人打击报复。
朱元璋鉴于元末吏治纵驰，民生凋敝，不惜用重典严刑惩治贪官。虽然取得一定效果，但因用刑太滥、不重证据，使许多无辜者受牵连甚至丧命。
在空印案中，枉死者其实不少，官府掌印者并非人人都贪赃枉法，而且“先署印而后书”是明初惯例，也情有可原。正如郑士利所说的：“省府去部远者六七千里，近亦三四千