思想里借鉴了许多关於道的论述，作为儒家形上哲学体系的材料。其实这正是儒家经典《大学》所谓“好而知其恶，恶而知其美”的具体表现。朱熹的思想体系博大精微，教人的方法也较为平易近人，因此能集宋代理学之大成，朱子是继孔子後，儒学集大成者。他的许多著作都是下细功夫的。他与吕祖谦共同编撰了一本著作《近思录》作为理解四子书（指周、二程、张）的阶梯，而他认为四子书是通往五经的阶梯，《近思录》曾为後世儒生必读。
继朱熹之後，明朝大儒王阳明（王守仁）将儒家思想再次推向了另一个极致——心学。
有一种观点认为，程朱理学是在清朝被歪曲的：
熊赐履大肆鼓吹程朱学说，强调：“朱子之学，即程子之学。程朱之学，即孔孟之学。若程朱非，则孔孟亦非矣。程朱之学，孔孟之学也。程朱之道，孔孟之道也。学孔孟而不宗程朱，犹欲其出而不由其户，欲其入而闭其门也。”乾隆五年（1740年）下诏说，程朱之学“得孔孟之心传……循之则为君子，悖之则为小人；为国家者由之则治，失之则乱，实有裨于化民成俗，修己治人之要。”
刘师培说“清代之学，迥与明殊。明儒之学，用以应世，清儒之学，用以保身”。
章太炎也说“宋明儒者多耿介，清儒多权谲”“（王鸣圣）‘未尝一日废书’，天天在与圣贤打交道，但读书和立身已经分成两件事，圣贤也就无法感化他了。”
“嘉道年间的沈垚说:‘乾隆中叶后，士人习气，考证于不必考之地，上下相蒙，学术衰而人才坏。
程朱理学真正被阉割是在满清的时候，最能说明问题的就是吕留良在满清统治下的遭遇。
许多人知道吕留良是因为满清的文字狱，知道他是一个有强烈反清复明的民族思想的人物，死后被清廷挫尸枭示，但未必知道吕留良本身恰恰是一个程朱理学最坚定的信奉者与宣扬者。
钱穆说“如吕留良，乃于清廷设科取士之朱子《四书》义中大张民族主义，罹剐尸之刑。雍正皇帝颁《大义觉迷录》一书，昭示天下举子，尽人必读。乃不久，其书亦同遭禁锢，举国无一人能见。直至清之末叶，民间始再印此书，与吕留良书同获重见于国人。今人多能谈清廷文字狱，屡行文字狱者为雍正，而雍正御著书亦同受禁锢，此诚旷古奇闻。
在吕留良看来，程朱理学和儒家观念本身就提供了批判君主****和异族统治的思想武器，程朱理学中批判私心，批判功利，其矛头所向不是平民百姓，恰恰是君主和官员等统治阶层。
而吕留良所说的“汉唐以来，人君视天下如其庄肆然，视百姓如其佃贾然，不过利之所从出耳，所以不敢破制尽取者，亦惟虑继此之无利耳。原未尝有一念痛痒关切处耳。”这种说法已经类似于一些解放后一些政治教科书中的说法，即皇帝是地主头子之类，就算对百姓好，也是为了维护自己长远利益云云，“所以不敢破制尽取者，亦惟虑继此之无利耳”。
至于“自天子以至于一命之奉，皆谓之天禄。天禄本于农，禄自农生”，那已经等于是说皇帝和官员的俸禄其实都农民供给，是农民养活了他们。
严格说来，吕留良对程朱理学进行的这种解释和阐述，并非是他个人的发明，而是程朱理学的本义所在，而且在明代，许多知识分子也都是这样来理解程朱理学，并且以程朱理学为根据，对皇帝的行为进行种种规范约束，甚至直接指责皇帝，漫骂攻击皇帝，只是吕留良的阐述显得更为通俗而已。
但是程朱理学在明朝中后期已经被深入批判，但是因为理学是
明末，湖北人后起儒家李贽针对正统理学家的“存天理灭人欲”的禁欲命题，