对郡县制和分封制的优劣，李斯知道秦始皇更青睐郡县制。嬴政有掌控一切的强烈欲望，事无大小都喜欢自己定，他怎么可能心甘情愿拿出大片国土让皇子去管呢？李斯根据平时对嬴政的了解，知道嬴政更相信制度的力量，秦国就是长期坚持商鞅的制度，才日益强大最终打败六国，周朝分崩离析、六国日益衰落，就是因为制度比不上秦国。所以如果实行分封制，既不符合秦始皇的愿望又与他的理念相违背。
经过缜密思考，李斯也上了一道奏折，为了讨秦始皇欢心，他不怕得罪王绾和其他大臣，极力驳斥分封制的建议：“周文武、周武王所封的子弟及亲属很多，本为一大家子，但是年代越长久，亲缘关系越疏远，最终形同陌路人，各国诸侯变成互相攻击的冤家对头，连老祖宗周朝天子也无法制止。如今海内仰赖陛下的威灵而成为统一的天下，各地都设置了郡县，皇族子弟和功臣可以通过国家赋税收入来供养甚至重赏，天下臣民都不会因为裂土封侯、国中有国而存非分之想，这样的制度岂非更利于国家长治久安？分封诸侯肯定对国家不利！”
秦始皇看了李斯的奏折很高兴，感到还是善解人意的李斯更聪明。经过君臣之间的长期相处，秦始皇发现李斯对待军国大事虽然没有天生贵胄那种大气和舒展，但是却有一个出身寒门追求发迹的贫士那种执着和机敏，只认准他秦始皇一个人，死心塌地效忠这个国家最有权力的人，同时机敏地领会主人的意图，像一头忠实的狗那样按主人的指令吠叫和出击。秦始皇对李斯很满意，感到有条件的时候可以继续提拔重用这样的忠臣。
经过观察，秦始皇认为王绾的分封建议没有特别意图，没有皇子抓住这个话题大做文章，也没有功臣借这个话题推波助澜，王绾只是代表了大多数朝臣的看法：分封制历史悠久，理应继承。这些大臣读的都是古书，向往的都是先贤的制度，缺乏与时俱进的观念，对他秦始皇的伟大创造缺乏充分和深刻的认识。
秦始皇善于吸取历史教训，他发现自从周天子分封诸侯以来，分封制似乎成为一种模式，天子分封诸侯，诸侯又分封大臣，甚至大臣再分封家臣，这种做法天长日久总是难以为继，造成国家分裂，影响政权稳定，但无论发生过多少次封臣坐大、以下犯上的叛逆事件，人们似乎总不能接受教训。即使是天纵英明的君主，在这方面也是摆脱不了强大的传统。魏文侯曾经打下中山国，但是他将这块地盘封给了自己的儿子，导致多年后魏国衰落中山国重新复国，直到赵国崛起，又再度将中山国吞并。赵武灵王是罕见的具有宏大开创性思维的君主，但他同样摆脱不了传统，在晚年打算将代地封给大儿子赵章，以弥补未能让赵章继位的遗憾。尽管后来由于赵章发动政变被杀，武灵王也被囚而死，此事不了了之，但是分封习惯根深蒂固，几乎没有君王能够免俗。秦始皇的思维模式与众不同，见识逾越前人，他认为不好的传统就应该改变，无论这种传统传承了多少年，受到多少人认可。
秦始皇对李斯的奏折作出批示：“天下战乱不已，纷争无穷，就是因为有诸侯王的存在。如今仰赖先祖的神灵，刚刚打出一个统一的国家，又要重立诸侯，这是制造分裂，埋下战争祸根。一旦如此，要维护国家安宁还能做得到吗？廷尉的意见正确！”
秦始皇一锤定音，对郡县制与分封制争议作出最终裁决。在重大问题上秦始皇坚持原则，敢于力排众议，但他同时也体察人情，能够透过公开的争论体会到暗含的潜台词，听得出弦外之音。秦始皇隐约感觉到分封制的提出很少人反对，绝大多数朝臣支持，可能跟功臣们渴望借此得到封赏有关，毕竟当年周天子分封诸侯不仅有王族，还包括功臣。李斯在奏折中也提到要供养或重赏功臣。秦国朝廷规矩很严，大臣们不好公开摆功邀赏，但不代