对秦王的决定李斯又惊又喜，喜的是韩非终于栽了个跟斗，惊的是韩非的命运难以预料，李斯认为韩非是间谍只是一种推断，没有真凭实据，万一审讯拿不到韩非的罪证，韩非摆脱囹圄之灾后东山再起，对他李斯绝不是什么好事。李斯一不做二不休，决意要将韩非整死，永除后患。李斯买通看守韩非的官员，准备毒药，威逼韩非服毒，企图造成韩非畏罪自杀假象。在李斯的秘密运作下，看守每天如狼似虎恐吓韩非，一口咬定他是韩国间谍，要他服罪自裁，免受皮肉之苦，免得最终被定罪遭受腰斩、大辟甚至五马分尸的刑罚，这些刑罚在行刑过程中犯人非常痛苦，而且身无全尸。韩非失去行动自由无法向秦王申辩，眼见得不到公平的审讯，真是叫天不应叫地不灵，他是贵公子，何曾受过这般待遇？深知政治阴暗面的韩非，明白臣子一旦在君王面前失宠，结果难以逆料，什么可怕的事都有可能发生。一念之差，他喝下了看守送来的毒药。
韩非一辈子研究政治，深知为臣不易，君臣关系可能存在巨大的风险，他在《说难》、《难言》等文章中都提到说客议论大臣，有可能被君主认为是离间君臣，向君王进言的人，会有多种原因可能说错话，稍有不慎就会惹来杀身之祸。韩非对这些犯错原因有非常细致的分析，简直是洞察入微，算无遗策，结果到头来他还是犯了自己分析过的那种错误，在人际关系的复杂游戏中触礁送命。理论与实际的关系往往如此，理论上有深刻洞察的韩非，遇到现实问题还是摆脱不了他的书生气，在批评、攻击别人时不想后果，刚来到秦国就得罪了他不一定要得罪的人。韩非只认为君王是最重要的，搞定君王等于搞定一切，对秦王手下的大臣，他没有下功夫去营造必要的合作氛围。韩非似乎忽略了，有资格在君王面前说话的可不止是他一个人，他可以批评姚贾，轻视李斯，但同样可能有其他许多人看他不顺眼，在秦王面前批评他。他也似乎忘记了，帝王之学无论多么高大上，但说到底政治就是处理人的关系，无论是君臣关系、臣子之间关系还是社会不同群体的利益诉求，做的都是人的文章，即使军国大政，反映的也是人的梦想、野心和欲望。
命运仿佛是注定的，过于绝望的韩非未能多坚持几天，他刚躺倒在羁押所地板死去，看守官员还来不及向秦王报告“犯人畏罪自杀”，秦王要求释放韩非的命令就到了。可惜的是，迎接这道命令的是一具已经变冷的尸体。
嬴政将韩非关起来后仍然琢磨韩非这个人，反复思量之下他突然醒悟：韩非是无辜的！韩非是他嬴政请来秦国的，韩国本来没有派使韩非的意图，而韩非在韩国得不到重用、郁郁不得志这个情况嬴政是知道的。韩非来到秦国后对嬴政的恩遇感激涕零，对朝政知无不言言无不尽，很想为秦王效劳，这种表现嬴政也看在眼里。韩非确实在为韩国说话，但嬴政没有发现韩非危害秦国的任何事实。想到这些嬴政后悔了，他请韩非来是求贤纳才，现在没有证据就囚禁韩非，岂非惹别人笑话，有累明君清誉？于是嬴政决定释放韩非，但他没料到死神的脚步比他的命令来得快，他得到的报告是韩非在云阳已经“畏罪自杀”。
嬴政对韩非的自杀感觉有些蹊跷，被软禁起来的韩非是怎么弄到毒药的呢？但嬴政没有深究，反正韩非已经死了，人死不能复活，嬴政不做没有意义的事。他对韩非之死有点遗憾，觉得韩非可能受冤枉了，但这个事没有必要去追查，去翻案，那对嬴政没有好处，因为囚禁韩非是他嬴政作出的决定，他负有责任。嬴政也没有怪责当初挑拨是非、说韩非坏话的李斯、姚贾等人。身为帝王，嬴政知道臣下邀功固宠是天性，抬高自己排挤别人并不奇怪。威名赫赫的齐威王，他手下两个最得力的大臣邹忌和田忌，一个丞相，一个大将，就明争暗斗得很厉害。嬴政在权力圈中长大，对这种事