百二十箧，计有六百多部。将全部经典贡献于国家，特蒙皇帝召见，嘉奖一番。玄奘法师便向唐太宗皇帝李世民贺喜：“恭喜陛下。”
唐太宗觉得莫名其妙，就问：“喜从何来？”玄奘法师说：“陛下得一位太子。”唐太宗有丈二金刚摸不着头脑的感觉，说：“没有啊！”
玄奘法师心想：“明明指示老修行来投胎，怎会没有呢？”
于是玄奘法师在定中观察。哎呀！那个老修行搞不清楚，投错胎了，跑到尉迟恭家里去。玄奘法师将这段因缘，向唐太宗皇帝报告。唐太宗皇帝李世民说：“原来如此，你就去度他吧！”
玄奘法师去找尉迟恭，说明来意。玄奘法师一见尉迟恭的侄子，心生欢喜。
因为窥基的身体，非常魁伟，相貌堂堂，一表人才，是载法之器。所以开门见山地说：“你跟我出家吧！”
窥基一听，莫名其妙，不悦地说：“你说什么？叫我出家，岂有此理！”转身就走了。
玄奘法师只好与唐太宗商量，成就这段因缘。于是乎皇帝下旨，要尉迟恭的侄子出家，尉迟恭一接到圣旨，便叫侄子出家。窥基严辞拒绝地说：“岂有此理！皇帝怎么可以叫我出家？我还没玩够呐！我要去和皇帝讲道理。”
第二天，尉迟恭带着侄子来见大唐皇帝李世民。
窥基一来便说：“陛下要我出家，可以！可是我有三个条件。”
唐太宗皇帝李世民一听就说：“你要多少个条件都可以。”
窥基就说了：“我最欢喜喝酒，我不能没有酒，无论我到什么地方，都有一车的酒跟着。”
唐太宗皇帝李世民心想：“出家人是戒酒，可是玄奘法师告诉我，不管什么条件都答应。”于是就说了：“好！我答应你。第二个条件呢？”
窥基说：“我知道出家人不可以吃肉，可是我欢喜吃肉，无论我到什么地方，后面都有一车新鲜的肉跟着。”
唐太宗李世民说：“我答应你。第三个条件呢？”
窥基没想到皇帝会答应他的条件，所以就说：“出家人不可以有太太，可是我离不开女人，无论我到什么地方，必须有一车的女人跟着。”他心想：“这个条件，皇帝无论如何一定不会答应的。”唐太宗心想：“哎呀！这怎么能答应呢？可是玄奘法师已经嘱咐我，不管什么条件一定都要答应。”所以就说了：“好！我完全答应你，你现在可以出家了吧！”
窥基没办法，就很勉强地跟着玄奘法师出家了。
所以在出家那天，后面有一车的酒、一车新鲜的肉、一车美女，陪着他一起到大兴善寺出家（编按：大兴善寺是玄奘法师的译经场），庙里知道窥基要来出家，所以敲钟击鼓来迎接他，窥基一听到钟鼓的声音，豁然大悟：“啊！原来我就是那个老修行，来帮助玄奘法师弘扬佛法，”于是乎把后面的三车遣回去，什么都不要了。所以后人，称窥基为三车祖师。
玄奘法师取回的《唯识三十颂论》有十家，玄奘法师皆译为华文，按照论中的意思，一字不减，一字不添，照原意译出。此时窥基担任整理论文，玄奘法师将十家之论译完之后，窥基要求玄奘法师：“这十家的论，各有其长，各有其异，若不统一，令今后学者，有歧路亡羊之苦恼，不如去其糟粕，留其精华，合成一本，令今后研究唯识的人，获得统一的结论。不用浪费时间，而得到法要。”玄奘法师同意他的见解是正确的，所以产生一本唯识论，即是现在《三十颂唯识论》。后来玄奘法师又传授他“因明学”，成为唯识专家，宣扬唯识思想为宗旨，成为当代大德，为“唯识宗”第二祖。
玄奘法师译籍中标明窥基笔受的，有《成唯识论》十卷、《大般若经》六百卷、《辨中边论颂》一卷、《辨中边论》三卷、《唯识二十论》一卷、《异部宗轮论》一卷、《阿毗达磨界身足论》三卷。其中特别值得注意的，是