问，但依我言，当可免罪。”
高允佯装是为遵嘱，随太子拓跋晃进见北魏主拓跋焘。太子拓跋晃先入内宫，谓高允小心慎密，史书之事俱由崔浩主持，与高允无涉，请贷高允死罪。北魏主拓跋焘乃召高允入问道：“国史统出崔浩手么？”
高允跪答道：“太祖记是前着作郎邓渊所作，先帝记及今上记，臣与浩共着，浩但为总裁，至下笔着述，臣较浩为更多。”
魏主拓跋焘闻言，不禁盛怒，瞋目视向太子拓跋晃，道：“高允之罪比崔浩为大，如何得生？”
太子拓跋晃看见父王发怒，顿时面有惧色，慌忙跪求，说道：“天威严重，允系小臣，迷乱失次，故有此言。臣儿曾向允问明，俱说是由浩所为。”
魏主拓跋焘（北魏太武帝）又问高允道：“东宫所陈，是否确实？”
高允闻言，从容回答道：“臣罪当灭族，不敢虚妄，殿下哀臣，欲丐余生，所以有此设词。”壮哉高允。
魏主拓跋焘闻言，怒意已然少有缓解，复转而看向太子拓跋晃，说道：“这真好算得直臣了！临死不易辞，不失为信，为臣不欺君，不失为贞，国家有此纯臣，奈何加罪！”便谕令起身，站立一旁。
复而召崔浩入宫问讯。崔浩面带惊惶，不敢详细回应问对。
魏主拓跋焘于是令左右之人牵崔浩使出，即命高允草诏，要诛杀崔浩及僚属僮吏，凡百二十八人，皆夷五族。
高允听了北魏太武帝拓跋焘之命令，却持笔不下，魏主拓跋焘一再催促，高允搁笔奏请道：“崔浩若别有余衅，非臣所敢谏诤；但因直笔触犯，罪不至死，怎得灭族！”
北魏主拓跋焘听了，又发起怒，喝令左右之人将高允拿下。太子拓跋晃更为哀求，北魏主拓跋焘乃霁颜道：“非允敢谏，更要致死数千人了。”太子拓跋晃与高允，拜谢而退。
太平真君十一年六月初十日（450年7月5日），北魏太武帝拓跋焘下诏诛杀崔浩。
崔浩被关在囚车里，由士卒押送到平城南郊，押送的几十名士兵在他的头上撒尿。崔浩无法忍受，“呼声嗷嗷”，在路上行走的人都听得清清楚楚。史称“自宰司之被戮，未有如浩者”。同时，“秘书郎吏及长历生”数百人也被定罪杀死；而清河崔氏同族无论远近，包括其姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都被连坐灭族，史称“国史之狱”。
余止戮身，不及妻孥。还是一场冤狱。果然，寇谦之预言应验了。
他日，太子拓跋晃责骂高允道：“我欲为卿脱死，卿终不从，致触上怒，事后追思，尚觉心悸。”
高允答道：“史所以记善恶，垂戒今古。崔浩非无他罪，但作史一事，未违大礼，不应加诛，臣与浩同事，浩既诛死，臣何敢独生！蒙殿下替臣救解，恩同再造，不过违心苟免，非臣初愿，臣今独存，尚有愧死友哩！”
太子拓跋晃闻言，不禁感到动容，称叹不已。此语也为北魏主拓跋焘所闻，也有心生悔意。这个时候，尚书李孝伯病笃，但是当时却是讹传已死，北魏主拓跋焘听说后，呜咽道：“李尚书可惜！”
半晌，北魏太武帝拓跋焘又改言道：“朕几失词，崔司徒可惜！李尚书可哀！”
嗣而听闻李孝伯病愈，遂令他入代崔浩之职，每遇有事与其商议，仿佛如崔浩在世时，这且毋庸细表。
惟北魏太子拓跋晃明慧强识，仁爱宽和，深明佛法。
当初，太子拓跋晃代替北魏太武帝拓跋焘监管国政，曾经下令命有关官员督促京郊内的民众，使没有牛的家庭以人力牛力相交换，垦田锄地。有牛的家庭给无牛家庭一人种田二十二亩，无牛家庭以耘锄七亩为报偿，以此为等级，至于给小孩、老人无牛的家庭种田七亩，小孩、老人以锄田二亩为报偿。都以五个人的下贫家庭为标准。各自列出家庭人数，所督促耕种的面积，明确地设立账簿项目。