以复远古伏曦神农之治，荡除一切胡神，灭其踪迹。
北魏太武帝拓跋焘于是在诏书中说：自今以后，敢有事胡神及造形像泥人、铜人者，诛灭全族。“虽言胡神，问今朔人，共云无有，皆是前世汉人无赖子弟刘元真、吕伯强之使，接乞胡之诞言，用老庄之虚假，附而益之，皆非真实，至使王法废而不行，盖大奸之魅也。有非常之人，然后能行非常之事，非朕孰能去此历代之伪物？有司宣告征镇诸军、刺史，诸有佛图形象及胡经，尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之。”
因此被屠杀的僧尼达有十数万之多。
这道毁佛诏令主要是由崔浩负责执行的。道士寇谦之虽然想弘扬本土道教，但是并没有因此排斥佛教。他看见崔浩和皇帝如此一起主张禁佛，并且用如此残酷的方式毁佛时，他也感到震惊害怕了。
寇谦之为了阻止这种残暴的禁佛方式，他劝崔浩说：“佛教本来教义是劝人行善，以化人心，本质是好的。僧人有好有歹，不代表是佛教的过错，如此残忍禁止，也非好事。”
崔浩反驳道：“寺院泛滥，国家的男丁为逃服役的，一个个当和尚，那还了得，早就看佛教不顺眼了，就该杀光光。”
道士寇谦之闻言，于是警告崔浩道：“你必将由毁佛而缩减寿命，遭受刑戮，一同毁灭！”
当时，北魏国太子拓跋晃在平城以监国的身份执事国政。他早年就有佛教信仰，因此坚决反对毁佛行为，于是再三向父皇（北魏太武帝拓跋焘）劝谏，希望停止禁佛，但未被采纳。太子拓跋晃不得已，只好拖延颁布诏书的时间，暗中联络各大寺院的僧尼，让他们提前逃难，救下数万僧尼。各地高僧转移经书、佛像，平城附近的寺庙得以提前藏匿珍贵文物。
尽管公开执行还俗政策，但实际仅要求僧尼还俗而不强制迫害。同时默许百姓在家中秘密信仰，避免大规模杀戮。部分僧人因太子拓跋晃的暗中通风报信得以逃生，而无法转移的寺庙则在事后被毁坏。
作为虔诚佛教徒，北魏太子拓跋晃在权衡利弊后选择阳奉阴违，既维护父亲权威又保全宗教力量。这种行为客观上减少了灭佛运动的残酷性，也为佛教在北魏的后续发展保留了基础。
太平真君九年（公元448年），道士寇谦之预言执行灭佛运动的崔浩不久就会遭受屠杀报应，而北魏太武帝拓跋焘也会被人杀死。然后过了两天，在夜里，他就在尚未完工的静轮天宫里安然而逝世，享年八十三岁。
当时，北魏的太武帝拓跋焘要编国史的目的，本来只是留给皇室后代看的。但是《国记》修毕后，参与其事的着作令史闵湛、郗标建议把《国记》刊刻在石上，以彰直笔，同时刊刻崔浩所注的《五经》。闵湛、郗标巧言令色，平时以谄事崔浩而获得崔浩的欢心。他们的建议被崔浩采纳。
于是，在天坛东三里处，营造了一个《国记》和《五经注》的碑林，方圆一百三十步，用工三百万才告完成。由于《国记》秉笔直书，尽述拓跋氏的历史，详备而无所避讳，其中直书了拓跋氏一些不愿人知的早期历史。而石碑树立在通衢大路旁，引起往来行人议论。鲜卑贵族看到后，无不愤怒，先后到北魏太武帝拓跋焘面前告状，指控崔浩有意“暴扬国恶”。北魏的太武帝拓跋焘于是命令士兵收捕崔浩及秘书郎吏，审查罪状。
崔浩被捕后，承认了自己曾经接受过贿赂。其实他对自己所犯何罪，也不甚明白。
北魏太武帝拓跋焘亲自审讯崔浩的时候，他也感到惶惑而不能应对。北魏太武帝拓跋焘一度想要诛灭崔浩和他的幕僚宗钦、段承根等人，以及他们的部属、僮仆等一百二十八人的五族，共有数千人。经高允力争，这才改变想法。
高允与崔浩同修国史，当然也受到牵连，北魏太子拓跋晃曾经向高允处受学经典，意图营救，便召高允与语道：“我导卿入谒内廷，至尊有