裁撤，以身作则。
这些措施推行起来并非一帆风顺。地方士绅的抱怨、卫所军官的抵触、胥吏的阳奉阴违，都需要他一一去化解、弹压。他发布文告，以“忠义”相号召，恳请地方士绅在国难当头之际予以支持。他亲自核查账目，巡视新垦田地，处理纠纷。
经过近一年的努力，成效开始显现。崇祯十年四月，首次清出课银三万五千余两；到了九月，清出课银已达二十四万五千余两，另加麦米豆等粮食十一万三千余石。更重要的是，通过清理军籍，他得到了可战之兵一万二千余人。
有了相对稳定的钱粮和兵源基础，孙传庭开始全力练兵。他深知明军积弊在于军纪松弛、训练废弛。他亲自遴选兵源，秦人骁勇，是他的底气。他更亲自督导操练，从阵法到武艺，从号令到纪律，事无巨细，皆严格要求。
他甚至亲自试用各类兵器，改进火器战法。对于上级调拨来的其他部队，他也严格检阅，汰弱留强。他要练的，是一支能战、敢战、纪律严明的“秦军”。
历史已经证明，这位成功了。这支在他手中锤炼出的秦军，初试锋芒便一战擒杀早期农民军领袖高迎祥，震动天下。随后，他又将李自成打得大败，仅率十八骑逃入商洛山中，几乎扼杀了明末农民起义的势头。
若朝廷能始终信任他，给予支持，让他按照自己的节奏稳扎稳打，未必不能逐步平定内乱，为大明续命。他也能全了自己的报国之心
然而，他的悲剧，恰恰源于他那位刚愎多疑、急功近利的皇帝——太庙战神朱由检。
孙传庭的赫赫战功，没有换来持续的信任，反而引起了崇祯更深的猜忌。再加上当时深受崇祯倚重的兵部尚书杨嗣昌等人进谗言，暗示孙传庭“养寇自重”，有意保存实力。
猜疑的种子一旦种下，便在崇祯心中疯狂生长。直到后来，一纸诏书将孙传庭召回京城，不容分辩，直接投入诏狱。这一关，就是三年
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狱中的三年，是孙传庭人生中最黑暗的时光，也是大明失去最后战略缓冲的三年。李自成在商洛山中舔舐伤口，悄然复起，趁中原空虚，招兵买马，提出“均田免赋”的煽动性口号，饥民从者如流，势力如野火燎原，再也无法遏制。而明朝方面，能用的大将或死或降，局势急转直下。
直到李自成攻破洛阳，杀福王，吃了福禄宴，围困中原重镇开封，中原彻底糜烂，大明快递第一人已经依依北望时，太庙战神才在焦头烂额中，想起狱中还有孙传庭这员昔日悍将。急忙将他放出，任命为兵部侍郎，走马上任三边总督，命他为督师出关剿闯。
可是，时移世易。当年那支能征善战的秦军精锐，早已在历次征调中损耗殆尽，尤其是大多数被填进了辽东那个无底洞。孙传庭接手的，是一个近乎空白的摊子。他需要重新募兵，重新训练，重新筹备粮饷兵器。而明朝的财政，经过连年战乱和层层盘剥，早已崩溃，国库空空如也，地方凋敝，饷源近乎枯竭。
孙传庭是清醒的。他上疏陈述困难：新兵未练，粮饷不继，城池未修，此时出关，凶多吉少。他请求暂缓，给他时间在整军备武，稳固根本，再图东进。
然而，崇祯已经被李自成的攻势吓破了胆，更被朝廷内部和地方上那些不知兵事、只知空谈催战的言官舆论所绑架。他看不到，或者不愿看到孙传庭陈述的现实困难，他只看到开封危在旦夕，只看到流寇气焰嚣张，他需要一场胜利，哪怕是虚假的胜利，来稳定他那颗惊惶不安的心，来堵住朝野上下非议的悠悠众口。
于是，一道道措辞严厉的诏书飞向陕西，主题只有一个：“速战！” “即刻出关！” “不得迁延！”
更让孙传庭彻骨冰寒的，是一道秘密送达的皇帝手谕（后来在其遗物中发现）。这道手谕如同催