了封赏，萧何成了名副其实的汉朝第一功臣。
刘邦称帝后，把都城定在了长安，下令让萧何负责建造未央宫。萧何尽心尽力，把未央宫建得宏伟壮丽，有东阙、北阙、前殿、武库、太仓等多个建筑，气势恢宏。
刘邦征战回来，看到宫殿这么豪华，当场就发了火，对着萧何骂道：天下战乱这么多年，百姓流离失所，胜负还没定下来，你怎么敢把宫殿建得这么铺张浪费？
萧何却不慌不忙地解释：天子以四海为家，宫殿建得壮丽一些，才能彰显天子的威严，也能让后代子孙不用再劳民伤财扩建。再说，这也是为了让天下人知道大汉的强盛，稳定民心啊。刘邦听了这话，才转怒为喜，连连称赞萧何考虑周全。
除了建造宫殿，萧何还在长安建了石渠阁、麒麟阁、天禄阁，收集秦朝的图书典籍和汉朝的档案文书，成了当时的中央图书馆和档案中心，后来很多学者都在这里校阅典籍、着书立说，为文化传承做了大贡献。
汉朝建立初期，沿用的还是刘邦当年入关时定下的约法三章，可天下平定后，约法三章太过简略，根本适应不了复杂的社会局势，各种违法犯罪的事情屡有发生。
刘邦便让萧何参照秦律，制定一套适合汉朝的法律。萧何深知秦朝律法太过严苛，是导致秦朝灭亡的重要原因，于是便取秦律的精华，去其糟粕，去除了秦律中夷三族、连坐法等残酷条款，又补充了户律、兴律、厩律三章，制定出了《九章律》。
这部法律既规范了社会秩序，又体恤百姓疾苦，成了汉朝的根本大法，此后两汉都沿用这部法律，后世历代王朝的法律也多以此为参照，被誉为律令之宗，百代不易之道，萧何也因此成了汉朝法制建设的奠基人。
天下平定了，功劳也封了，可萧何的日子却越来越不好过。
刘邦出身草根，当了皇帝后疑心越来越重，尤其忌惮那些功高盖主的功臣，韩信、英布、彭越等异姓王相继被诛杀，连萧何这个最信任的老兄弟，也成了刘邦猜忌的对象。
楚汉相争时，刘邦在前线打仗，就常常派人回来慰问萧何，看似关心，实则是在打探他的动静。身边的门客鲍生提醒萧何：大王在前线出生入死，却频频派人回来慰问你，这是对你起了疑心啊！你不如把家里能打仗的子孙兄弟都送到前线去，既能表忠心，又能让大王放心。
萧何听了这话，赶紧照做，把全族几十名青壮年都送到了刘邦军中，刘邦果然大为高兴，对他的疑心也少了几分。
后来韩信被吕后诛杀，刘邦听说后，立刻派人拜萧何为相国，还增加了五千户食邑，派了五百名士兵和一名都尉担任他的护卫。
群臣都来祝贺，唯独一个叫召平的门客忧心忡忡地对萧何说：这不是赏赐，是灾祸啊！大王在外征战，你坐镇京城，不用打仗却得到这么多封赏和护卫，分明是因为韩信谋反，大王对你也起了疑心，派士兵来监视你啊！萧何一听，顿时吓出一身冷汗，赶紧辞掉了封赏，还把自己的全部家产都拿出来资助军队，刘邦这才转忧为喜，打消了对他的疑虑。
后来英布谋反，刘邦亲自率军出征，又多次派人回来问萧何在做什么。
身边的门客又提醒他：你现在位极人臣，功劳第一，已经没什么能再封赏你的了。你在关中深得民心，十几年了百姓都拥戴你，大王多次问你动向，就是怕你威望太高，动摇关中啊！你不如故意强买百姓的田宅，败坏自己的名声，让大王放心。
萧何无奈，只能照做，故意压低价钱强买百姓的田地房产，弄得百姓怨声载道。刘邦出征回来，百姓拦路告状，刘邦看了却哈哈大笑，觉得萧何贪财好利，没什么野心，对他的疑心彻底放下了。
可即便如此，萧何还是险些栽了跟头。
一次，他见长安土地稀少，而上林苑有很多闲置的土地，就向刘邦上奏，请求把上林苑的闲