愤交加中病逝，享年73岁。
尚可喜死后，尚之信继续率领军队反清。可尚之信根本不是清军的对手，很快就被清军打败了。公元1680年，尚之信被清军俘虏，押到北京后被康熙皇帝下令处死。尚可喜虽然已经死了，但也受到了牵连，康熙皇帝下令撤销他的平南王爵位，还查抄了他的家产。
尚可喜的墓也没能幸免。公元1726年，雍正皇帝觉得尚可喜虽然有功劳，但他的儿子尚之信反清，尚可喜也有不可推卸的责任，于是下令掘开尚可喜的墓，毁了他的墓碑。尚可喜生前风光无限，死后却落得个掘墓毁尸的下场，实在让人唏嘘。
直到乾隆皇帝继位后，才为尚可喜平反。乾隆皇帝觉得尚可喜在清朝统一全国的过程中立下了很大的功劳，虽然他的儿子尚之信反清，但尚可喜本人并没有反清，所以应该恢复他的平南王爵位。于是乾隆皇帝下令恢复尚可喜的平南王爵位，还为他重新修建了墓碑。
可即便如此，尚可喜的争议依然没有停止。有人觉得他是“清朝的功臣”，为清朝统一全国做出了重要贡献；也有人觉得他是“明朝的叛徒”“民族的罪人”，他的投降和屠城，给汉族人民带来了巨大的灾难。
其实，尚可喜就是一个在乱世里追求生存和权力的普通人。他一开始为明朝效力，是为了报仇和保护家人；后来叛明投清，也是为了保住家人的性命和自己的地位；最后他拒绝反清，是为了遵守自己对清朝的承诺。他的一生，充满了无奈和选择，他的每一个选择，都受到了当时历史环境的影响。
参考《清史稿》