，擢右佥都御史，巡抚辽东。隆庆四年正月移大同。俺答侵扰戚远堡，别部千余骑攻靖虏，均被方逢时所设伏兵击退。后来，俺答孙把汉那吉来降，方逢时报告总督王崇古，认为机不可失，遂振中军康纶串骑兵五百前往受降。
之后，方逢时与总督王崇古共决大汁，以通贡市与俺答约和，使边境安宁。
万历初年，王崇古被召回京理戎政，大学士张居正推荐方逢时代王祟古总督宣府、大同、山西军务，之后累进兵部尚书兼右副都御史。
方逢时和张居正都是湖北人，张居正作为方逢时的上司，交往频繁，关系密切。
论年纪，方逢时其实还比张居正大两岁，但作为明朝廷的得力干将，张居正更是大力启用方逢时担当重任。
几人相视一眼就明白，可能朝廷出大事了。
要不然一部之尊也不至于亲自骑马前来内阁。
“小人见过大司马！”
方逢时脸色凝重，没有理会他们的行礼，步履匆匆的直奔张四维值房。
虽然他方逢时是张居正的亲信，张四维也有意在打压张党。
但是如今发生了大事，天子不在皇城，这只能来内阁商议。
张四维坐在值房里，面前是堆积如山的公文。
并非是张四维要独揽朝政，而是内阁里的人手实在是不够了。
潘晟已经在家，而年纪轻轻的于慎行也生了病在府上。
内阁里面就只有他张四维和申时行。
砰砰砰！
一阵急促的敲门声响了起来。
还在埋头批阅公文的张四维放下手中的笔，满是不悦。
“谁？”
门外传来了方逢时急切的声音，“元辅，是我，方逢时！”
张四维一下子意识到，可能是出大事了。
要不然这平日里对自己不冷不热的方逢时，怎么会直接上门？
想到这里，张四维起身快步给方逢时开了门。
门口，方逢时脸上齐齐整整的白须不断抖动，他见到张四维的第一句话便是：“元辅，南京出事情了！”