下长期驻守，所以后金主力撤走没多久，缓过劲儿来的明军就开始准备反攻，收复永平四城，但这是后话了。
崇祯三年三月，在确定后金军主力基本退出长城后，北京城终于取消了戒严状态，至此，崇祯己巳之役算是告一段落了。
己巳之役中，京畿地区的防御体系遭到重创或破坏，阵亡及被俘总兵多达六员（赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦），损失兵力更是以数万计，此外，战争期间，兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱，可以说震动极大；再加上，京畿地区遭到后金的严重破坏，财政基础大受冲击，用元气大伤来形容，并不为过；因此，后人将其视作崇祯帝中兴之梦破灭的开始，大明由此一日日的走向了彻底衰亡。
是的，在己巳之役中崇祯皇帝犯下了很多错误，其中，就有一个现在看起来还不严重，但日后却导致了大明王朝覆灭的错误，那就是为了救急，明廷被迫采用了拆东墙补西墙的策略，在剿灭陕西“起义”军即将大获成功之际，将陕西明军主力调往北京救驾，从而使得明军在陕西进行的清剿行动功亏一篑，让各路“义军”得以逃脱生天，并更加活跃起来。
此外，因为过往跨省作战时经常性遭遇的补给困难及有意刁难，使得陕西等地明军并不愿意离省前往京畿地区----也因为后金军名头够响，陕西等地明军不愿意自寻死路----所以，山陕等地的勤王部队中出现了大量的逃兵。
这些哗变的入援兵为了逃避明廷的处罚，纷纷加入各路“义军”----这些拥有专业战斗技能的逃兵的加入，大大提高了“义军”的战斗力----再加上崇祯二年四月开始执行的裁撤驿站、整顿驿站秩序时的矫正过往，其所导致的失业驿卒加入“义军”浪潮，这场由饥民乞活引发的大起义，就此再难遏制了······