五兵尚书董怀嘴中得知扬州八郡皆反，坐在席上的司马元显惊恐万状，没想到“免奴为客者充兵役”的诏令逼反了扬州八郡。
扬州共有十一郡，丹扬属京畿之地，宣城与隔江的豫州一同防御京畿的西大门，而晋陵是北府军驻地。除了这三郡外，吴郡、吴兴、新安、东阳、临海、永嘉、宣城、义兴皆反。
“……吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、黄门郎张琨、中书郎孔道为乱民所杀……戮及婴孩，死者十七八……”
朝堂之上阴风阵阵，让人不寒而栗，孙恩所率的乱民大举杀戮，连婴孩都不放过，王、谢两家深受其害，王凝之及其子被杀，谢安之侄谢邈、谢冲全家遇害，其他士族百姓死于屠刀之下不计其数。
司马元显勉强收摄心神，喝道：“好了，不要再念了。诸公，孙贼凶残，贼势汹汹，可有退敌之策？”
董怀奏道：“当派北府军平叛。”
现在朝庭手中掌握的兵马不多，豫州兵马要防备桓玄东进，京中中军兵马多出自三吴地区，不可能让他们前去平叛，要不然说不定是平叛还是参加叛乱，唯一能拿出手的只有北府军了。
王恭败亡后，刘牢之接替了王恭督兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务，成为北府军的统领，可是朝庭并未授他刺史之职，刘牢之以辅国将军(三品)领军。
谢琰以徐州刺史的身份出镇京口，由右将军(三品)升为卫将军(二品)，名义上军权归刘牢之所掌，但谢琰的品阶却高于他，实际上分走了刘牢之的军权。
司马道子为了能控制北府军，特意将刘牢之的亲家高素调任徐州卫府司马，这样一来，北府军的职权便有些模糊不清了。
北府军平叛是派谢琰领兵还是刘牢之，司马元显犹豫不决，从声望上讲，谢琰是谢安之子，曾独自领军参加过淝水之战，官至尚书右仆射，刘牢之远不能及。但刘牢之是北府骁将，统军平叛要强过谢琰。
丹阳尹司马恢之见司马元显茫然无措，提醒道：“事关重大，何不问过大王再做决断？”
司马元显驱车来到会稽王府，司马道子也得知三吴叛乱之事，正准备叫司马元显问询。
事关朝庭安危，司马家族的身家性命，父子俩抛开嫌隙，商议出兵平叛之事。要知道孙恩以征东将军的名义向天子上疏，请诛杀司马道子父子，为叔父孙泰报仇。
得知儿子为难不知派谁前去平叛，司马道子淡然道：“孙贼看似势大，其实不过是乌合之众，北府军至定然灰飞烟灭，孤觉得派谢琰前去更好。”
危难关头，司马元显不再狂傲，恳声问道：“父王，孩儿感觉派刘牢之前去平叛把握更大些，谢琰久不统兵，怕是纸上谈兵多些，别误了国事。”
自打四月权柄被夺，司马道子久不见儿子在自己面前俯首贴耳，捋着胡须教训道：“你年纪轻，历事尚浅，这其中的道理看不清情有可原。”
“还请父亲教训。”司马元显笑道。
司马道子不紧不慢地道：“谢琰率北府军南下，朝庭便可借其手掌握北府军一部兵力；其二，谢氏在三吴地区声望颇高，此次谢邈、谢冲被害，谢琰定然会尽力为自家兄弟报仇；其三，平叛之后不妨让谢琰坐镇三吴，这样一来北府军一分为二，朝庭亦好控制。”
司马元显讨好地笑道：“父王一步三算，孩儿远不能及。”
第二天，朝庭以天子名义下旨，会稽王司马道子假黄钺(黄钺，铜斧，天子诛杀专用之器，象征掌诛杀之权)，司马元显领中军将军，掌握建康军权；以徐州刺史谢琰督吴兴、义兴军事，讨伐逆贼孙恩。
当时，京畿四处贼偷蜂起，孙恩党羽亦潜伏在京中，想趁机而动。司马元显下令