终不肯归降，刘秀遂令有司杀了隗恂。
虎毒尚不食子，隗嚣连亲手骨肉都置之不顾，残忍到何种地步。众人虽然不言，但无一不心寒。
刘秀随后调遣兵马，往西进攻隗嚣，紧接着下诏对窦融及五郡太守封爵，封爵已毕，悉遣窦融等西还，归镇河西。
窦融诚悦臣服刘秀，回去后忠心耿耿地镇守河西，为大军转运辎重，举足轻重，在此就不再多言。
眼看战事推进顺利。然而，就在八月，刘秀正待平定隗嚣时，留守帝都的大司空李通驿马传羽书：颖川盗贼攻陷郡县，河东太守亦叛，洛阳骚动。
刘秀手握羽书，叹息地对寇恂说：“悔不听郭宪之言，以致如此。颖川迫近京师，只有卿亲往，亟应平叛。”
寇恂原为河内太守，复拜颖川太守，再迁为汝南太守。修乡校，讲儒书，郡內清静无事，故刘秀征伐隗嚣，令其以执金吾身份从车驾出征。
寇恂听了刘秀所言，当即回道：“颖川民风，素来较力，闻听陛下涉险阻，有事陇蜀，滞留时日多，故而盗贼惑众，乘间作乱。一旦闻知陛下乘舆南下，必然惶怖归死，何敢抗命？臣愿为执锐前驱。”
于是，刘秀命寇恂为先锋，亲率兵马南征，自上邽晨夜奔驰，直至颖川。盗贼果然乞降，自请就诛。寇恂禀命执法，杀其首恶，其余赦免。郡中吏民，扶老携幼，遮道迎寇恂，共到刘秀车驾前，叩拜道：“愿从陛下，复借寇君一年。”
刘秀自是顺从民意，留寇恂暂居长社，自率羽林军归还。岂料，尚未至南宫，又传来了警报，东郡、济阴盗贼群起，攻城劫掠，地方大乱。刘秀于是遣大司空李通领兵前去围剿。随后，由寇恂得颖川民心而使颖川得以迅速平定，刘秀不由得想起了一直以威信著称，同样深得东郡民心的耿纯。东郡为帝都外邑，必须保住清宁。于是，刘秀随即挥笔下诏，遣使拜时在邺地的东光侯耿纯为太中太夫，使之与大军同赴东郡。
而东郡吏民听说耿纯来了，无不奔走相告。盗贼九千人，尽皆弃戈肉袒，到耿纯面前跪降，大军不战而还。
刘秀闻知后，当即玺书传诏，再拜耿纯为东郡太守。经过这两次叛乱，刘秀深刻地感觉到官贤之重要。
颖川、东郡俱已告平，身在洛阳的刘秀，心却在陇西战场。时吴汉与岑彭奋力攻打西城，可隗嚣经营陇右多年，西城坚固，月余未下。从长远考虑，他下诏吴汉曰：诸郡甲卒但坐费粮食，若有逃亡，则沮败众心，宜悉罢之。意思是令吴汉遣归赢卒，只留精锐。
然而此时的吴汉探知城中守将杨广病逝，正欲全力攻打隗嚣，遂上奏疏向刘秀言明，不发弱兵回洛阳，日夜加紧攻城。
一日，隗嚣守城大将王捷，登城大呼道：“汉军听着，我等为隗王守城，誓死无二心。愿诸将急退，我自杀以明志。”说着，自刎而死。显而易见，城破之日，必有恶战，汉军心悸，斗志锐减。
吴汉自知不能如此下去，思及谷水由西向东流淌，经西城而下。于是吴汉与岑彭分兵，以缣囊装土，垒成大堤，用水攻西城，昼夜不歇，如此一来，将士疲惫，粮食又日渐减少，于是开小差、逃亡的逐渐多了起来，军心越发懈驰。
又相持几日后，隗嚣大将王元、行巡与周宗等率领从公孙述处求来的蜀兵，从山上猝然杀下来。
汉军猝不及防，未及成防，兼之乏粮、惊惧，汉军只得败退。
汉军败退，不少将士被俘，其中重伤未愈的校尉温序与从事王忠陷入阵中，为隗嚣将军苟宇所俘，迫其归降。
温序斥骂道：“我为汉家臣子，叛虏怎敢胁迫大汉将军？”手持汉节，逼视苟宇。
苟宇从