禧太后和奕訢进一步肃清余党，将陈孚恩、黄宗汉、刘昆、成琦、德克律太等人革职，将太监杜双奎、袁添喜、王庆喜等发往边远地区充官兵奴仆。
此时，慈禧太后和恭亲王非常清醒地知道，肃顺、载垣、端华掌权多年，其党羽遍布六部九卿，至于依附逢迎、巴结讨好者，在京师内外文武百官中，更是大有人在。
但如果一一追究，广为株连，势必弄得人人自危，风声鹤唳，不利于笼络人心，稳定政局。
为此，在处死载垣、端华、肃顺之后，连下三道上谕，宣布其既往不咎之意，但内含肃杀之气，意在告诫宗室王公、文武百官，不得抗拒垂帘，否则肃顺等人前车俱在，必将严惩不怠。
二十九日，军机处将所查抄的肃顺家产账目及其来往书信，全部当众销毁。至此，人心大定。
辛酉这年，奕訢正值而立之年，慈禧27岁，慈安26岁。这样几位正值盛年、精力充沛、头脑敏捷、思想新锐的年轻人夺取最高统治权，他们将开拓老大帝国新的发展方向。
十月初五日，内阁公布取消肃顺等所定“祺祥”年号，代之以“同治”年号，决定以明年为同治元年。