陇西郡，便听到大捷的消息，于是收兵回去。接着刘奭下诏：除了留下屯田的士兵之外，其余人班师回朝。永光3年（BC41）2月，冯奉世凯旋回到长安，赐爵关内侯。
3月，刘奭立自己的次子刘康为济阳王。
4月28日，大司马、车骑将军王接去世。左将军许嘉升任大司马、车骑将军。右将军冯奉世升任左将军。王接的堂弟、汉元帝刘奭祖母王夫人的哥哥王武之子王商为右将军。
本年，因用度不足，刘奭下令重新设置盐铁官。限制博士弟子的名额为千人。
永光4年（BC40）2月，刘奭大赦天下。3月，刘奭行幸雍地，祭祠五畤。
6月30日，日食。汉元帝刘奭下诏求直言。同时责问当初那些说天变是由周堪、张猛擅权专事引起的那些官员们。群臣无言可答，只好稽首谢罪。于是刘奭再召周堪为光禄大夫，领尚书事；张猛为太中大夫，给事中。
周、张再次入朝受职，只道是皇帝悔悟，以为此次总可扬眉吐气一番。哪知尚书省仍是由中书令石显做老大。四个尚书：五鹿充宗、牢梁、伊嘉、陈顺，皆是石显一党。让二人郁闷难解。
周堪被活活气成了哑巴，不久去世。张猛孤掌难鸣，被石显构陷。张猛不堪受辱，便在公车门前拔剑自刎。
9月11日，汉元帝刘奭下诏：罢除汉高祖刘邦之母昭灵后、刘邦之兄武哀王、刘邦之姐昭哀后、汉武帝刘彻之皇后卫子夫、戾太子刘据、刘据之妻史良娣的陵园。10月19日，又下诏罢除各郡国中的祖宗庙。
10月，刘奭又下诏：汉帝诸陵从此不属太常，各依其地界分属三辅。在渭城寿陵亭部原上开始建造自己的陵墓。并一反旧例，下令从此之后不要再以陵设置县邑、迁徙百姓到这种陵县来。
永光5年（BC39）1月，刘奭行幸甘泉，郊祀泰畤。3月，行幸河东郡，祭祠后土。冬天，行幸长杨宫射熊馆，打猎。
12月16日，汉元帝刘奭下诏：毁去太上皇、汉惠帝的寝庙园。