掌握的情况，申甲朝鲜之乱起因全在于日本公使竹添进一郎，希望日本方面严惩相关人员。
森有礼是中国通，常李中堂有研讨国学、探讨西方政体，所以也颇得李中堂看重，今天见他来询问，李中堂便问了一句，“森有礼公使，贵国是否希望尽快达成协议？”
森有礼自然明白这是李中堂试探的话，考虑到日本所处的局面，尽快结束谈判，获得一部分利益也好过毫无疑义、旷日持久的争辩，所以他作出一个大胆的决定，作为一种政治妥协，他非常明确的告诉李中堂，日本方面在朝鲜的利益不能因为申甲事件受到边缘化，而中国在朝鲜的势力，也不能因为申甲事件进一步扩大。
双方都有了明确的目标后，谈判的进展显然就容易得多了，秦铠拜访日本使馆的事情他自然也是知晓的，己方目前有两支舰队活跃在日本海附近，对此，他岂会不明白其中的优势，唯一的问题就是怕日本人死抱着这事情不肯罢休，毕竟快速解决朝鲜争端才是宫里面的意思，至于在朝鲜的利益反倒成了其次的……
李中堂考虑再三后，提出了中国方面可以接受的和平议案，日本方面要求清军撤军之事，历史在这里发生了小小的改变，因为军力上的巨大优势，李中堂不容置疑的要求维持现状，不过，对于日本方面，也允许派驻一营不超过500人的军队驻防日本使馆区，防止这次使馆区被焚毁的事件再次发生（原本就是日本人自己烧的）。
而惩办打伤日军的清国军官，赔偿日本侨民损失，李中堂最终只同意由朝鲜政府按每人50两白银的支付侨民损失，而日本军队的损失完全是竹添进一郎的责任。
森有礼得到明确答复后，立刻回报伊藤博文，次日，双方正式谈判，席间依旧因为日侨损失问题，伊藤博文一定要中方进行赔偿，谈判依旧不欢而散，而后，伊藤博文让森有礼带信给李中堂，扬言若不进行赔偿，将退出和谈。
李中堂愤然回信，“朝鲜事。中国并未办错，其错处全在竹添，若因此决裂，我惟预备打仗耳！”当夜。即可拍发急电给南洋大臣秦铠，相约共同御敌，对外之时，近在咫尺的南洋舰队无疑是重要的援手，而且送死的时刻。不拉上这个秦烈风，那也不是李中堂的风格。
日本密探很快就获得了这个消息，伊藤博文和大山岩、森有礼商议之后，大山岩坦言目前情况下不宜进行作战，伊藤最终做出了部分妥协的决定，由森有礼再次拜访李中堂，最终敲定了最后的条款。
中日双方在朝鲜驻兵约定为：清国三个营1500人，日本增加到500人，双方不再为朝鲜编练新军，由朝鲜自行选择第三国编练。而对于赔偿问题，日方不再追索，但是，这一次，李中堂还是被伊藤博文阴了一招。
除了约定驻兵外，伊藤最终主张“朝鲜国有变乱重大事件，中、日两国或一国要增兵，应先互行文知照”被加入合约条款，这条看似互有约束的条款，实质上却是在朝鲜问题上把日本的地位抬高到了宗主国的清国一样的地位。
李中堂对于迅速平息朝鲜问题自然十分满意。至于这些细节上略有损失，他并未太放在心中，毕竟有北洋水师之利，控制朝鲜海岸远比日本得力。但从这次冲突中，海军的重要性也被再次应证。
当中日签署和平条约的消息传到广州之时，秦铠刚刚回到阔别半年多的总督府，他对于条约内容也十分无奈，自己这一小小的推手，始终还是无法完全改变历史的方向。虽然相比原来的条约，因为在朝鲜外围军力的扩张，加上对俄国战事的胜利，日本彻底架空中国在朝鲜势力的企图被瓦解了。
原本历史上，日本就借助这次的事件，逼迫清政府撤走清军，虽然日本也撤离的军队，但事实上，日本在朝鲜王