将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个太监在内廷打死，草草了结了这件大案。而王之寀遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗将他削职为民。
红丸
红丸案
1620年（万历四十八年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛继位，是为光宗。1620年（万历四十八年）八月，光宗得病，宫廷医生崔文升进了泄药，光宗服后病势加重。鸿胪寺丞李可灼自称有“仙方”，光宗服了他进奉的两颗红丸后，不出一天，在1620年（万历四十八年）九月初一日突然驾崩，于是廷臣大哗 。首辅方从哲还拟旨赏赐李可灼白银五十两，更激起了朝臣的责难。东林党人杨涟、惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升是郑贵妃心腹，责问方从哲为什么加以庇护。还联系梃击案，声称张差谋逆，是郑国泰主谋。由于郑氏集团和方从哲的阻挠，此案未予追究，直到1624年（天启四年），朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升贬谪到南京。
移宫
移宫案
光宗刚刚继位时，郑贵妃为了控制他，将自己宫中的李选侍（选侍是没有封号的宫嫔）送给光宗，很得光宗的宠爱。光宗死后，由十六岁的皇长子朱由校继位，李选侍也应立即迁出宫内正殿乾清宫。李选侍企图挟制朱由校以弄权，仍与朱由校住在乾清宫，不肯迁出。她还让心腹太监盗窃宫中珍宝去贿赂首辅方从哲；又放出空气说皇长子年幼，宜由李选侍以太后身分垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等人指出，皇长子已经成人，并揭露说，这是“将借抚养之名，行□□之实”。惠世扬更大胆指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，并指责方从哲通过内监得贿，同她勾结。在这场争议中，郑贵妃、李选侍、方从哲不仅理亏，而且他们当时还没有掌握最高权力，所以东林党人终于占了上风。李选侍移出了乾清宫，朱由校在东林党人支持下，摆脱了郑贵妃、李选侍的挟制，于1620年（万历四十八年）九月初六日即位，是为明熹宗。
争京察
在围绕皇位继承权进行争斗的同时，东林党人同反东林各派展开了尖锐的权力之争。这表现于许多方面，主要是争“京察”。京察是明代考核京官的一种制度，规定六年一次，称职者予奖或晋升，不称职者处罚或斥退。争京察就是争朝廷的人事大权。1605年（万历三十三年）的京察，由东林党人、吏部侍郎杨时乔主持。他在京察中提出要处分的人，有几个是首辅沈一贯的党羽。沈一贯的党羽钱梦皋等人受到包庇，未遭处分，而杨时乔反被严旨斥责。不过，东林党人和其他一些朝臣一再奏劾沈一贯遍置私人、欺上瞒下，沈一贯也被迫谢病不出，于次年退休。1611年（万历三十九年）京察时，东林党人、大学士叶向高主持朝政，这一次，齐、楚、浙、宣、昆等党一些人物被罢了官。但在南京则出现了另一种局面。原来明朝明成祖在1421年（永乐十九年）从南京迁都北京以后，仍在南京（时称留都）保留了一套中央官署。这次在南京主持京察的，是齐、楚、浙党方面的官员，他们排斥了所有支持东林党领袖李三才的东林党一派的人。1617年（万历四十五年）京察时，方从哲秉政，齐、楚、浙等党多居要职，于是又排斥了东林党人。终万历一朝，东林党人大部分时间不掌握朝政，所以在京察中基本上处于不利的地位。他们支持熹宗继位后，才受到重用。1623年（熹宗天启三年），当时东林党人叶向高是首辅，赵南星则以左都御史身分参与主持京察，他痛斥齐党亓诗教、楚党官应震等人，坚决罢了他们的官。
政治思想
一、反对空幻虚无、谈空说玄。
东林学派以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王阳