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这些挑选出来的倭人精锐被分散到各个卫所中，剩下来的俘虏及其家眷则被分批迁徙到朝鲜、台湾和海南岛，作为军户，参加当地屯田。
同时，海东行都司开始设立十三个卫所，卫所对应土地上的倭人大部分被迁走，少部分精壮编入卫所，为大明效力。
而这些失去土地的倭人，杨荣给了他们两个选择，可以去朝鲜，路费、安置费全都有，同时还可以获得土地耕种；当然也可以去本州，只不过其中的风险就要他们自己承担了。
最后筑紫岛的大部分倭人选择了去朝鲜，少部分人扶老携幼，前往下关，然后渡过下关海峡，来到本州；伊予岛的倭人则大部分选择前往本州，投入足利义满的怀抱，少部分辗转坐船前往朝鲜、东北等地。
经过残酷的整合，筑紫岛、伊予岛的治安情况大大好转，山贼草寇逐渐失去了生存空间，而足利义满的间谍活动范围也严重受限，作用越来越小。
时光飞逝，已经进入了建文九年的七月份，盛庸依然按兵不动，足利义满仍然在整合、观望。
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