素质良莠不齐，让他们知道太多，一点好处都没有，“民可使由之，不可使知之！”。他下令调查司调查到底是谁将这些信息透露出去的，可调查司查了半年，抓了无数人，却没有任何结果。
但是藩王分封海外是势在必行的，否则就只能调低藩王俸禄，或者采取降爵袭封，调低藩王俸禄是不现实的，亲王俸禄一万石，看着不少，但折合成银两只有一万两，所以藩王必然有其他的经济来源，这和官员俸禄少贪污是一个道理；至于降爵袭封，恐怕就得打一场全国大战了，虽然这些藩王不堪一击，但是不能否认的是，这些藩王对国家的稳定还是有一定的作用的。
其次，最近纷纷有人上书藩王谋反，如山东布政使铁铉告发齐王谋反；西平侯沐晟告发岷王有不轨之事；负责主管交通银行及科学院的户部侍郎谭波告发湘王伪造交通银行银票，谋取暴利；还有台湾知府黄福告发代王在台湾贪虐无状，滥用民力，导致卫所士兵和归附山民死伤无数；还有告谷王不法的；告楚王兵精粮足，有可能谋反的；连西安的秦王和山西的晋王都不能幸免。至于占用民田，私蓄战马，体罚官吏等等之事，更是数不胜数。
再次，由于近年来朝廷开海禁、征商税、修道路等等新政的推行，也出现了许多新问题，比如海商与市舶司勾结，少交和不交税款；征商税导致某些地区的物价虚高，百姓生活困难；修路需要采购大量水泥、青砖，因为缺乏足够的监察，腐败事件屡屡发生，修建的道路质量参差不齐，路面碎裂、坍塌之事屡有发生；最后朱允炆考虑到粮长制度的弊端，取消了粮长转运制度，动用驻军负责转运，但这带来了新问题，军将对士兵的使用更是登峰造极，虽然朝廷配发了足够的口粮，但是竟然出现了士兵饿死的现象。种种乱象，层出不穷。朝堂之中，抨击朱允炆轻率，主张恢复洪武旧制的呼声不绝于耳。
有些事情朱允炆可以容忍，有些事情朱允炆不能容忍，比如浙江海商柳家勾结宁波市舶司提举蔡祥，偷税漏税达二十三万五千余两，更要命的是，许多官员都知道此事，却不以为意，反而认为蔡祥是好官，不与民争利，直到一年后才被监察御史郑逢恩发现并举报，可是这个郑逢恩却受到百官攻歼，苦不堪言，甚至打算辞官不做，还是朱允炆好言安慰，才将其勉强留下。
最后，建文三年也是一个多事之年，河南蝗灾、黄河决口、山东大水、河北白莲教叛乱，殃及大河南北，朱允炆令长兴侯耿璇坐镇开封，安远伯瞿能坐镇济南，阻止乱民南下，令历城候盛庸全力镇压，这些都牵制了朝廷的精力，驸马都尉梅殷调集五万军队跨海征战乐浪，导致山东空虚，朱允炆不得不调集京军北上，以防生变。
为赈济灾民，朱允炆分两步走，采取以工代赈和移民相结合的办法，工部尚书宋礼浚通运河和清理山东水患，养活了大量灾民；还有一部分灾民被移民到河北和辽东。至于最后镇压的白莲教叛军，除贼首斩首外，朱允炆则将其分批迁往辽东、绥远、西北和西南安置。
所以建文三年时，大明实际上并没有能力和朝鲜打一场全面的战争，只是靠恐吓手段才获得了一片土地而已，朱允炆更多的时间是用来处理内政。
首先为强化对军队的控制，朱允炆推出了酝酿已久的军衔制，参考了后世的制度，分为将校尉三级，具体细化为上将、中将、少将、准将、上校、中校、少校、上尉、中尉和少尉，具体人选经过五军都督府、兵部和军机处的筛选，并经朱允炆亲自确认，最终确认了授衔的标准，卫指挥使一级为上校，千户为中校或少校，百户为上尉，总旗、小旗则分别为中尉、少尉；都指挥使为准将，其下的同知、佥事则根据情况授其为准将或上校；将军军衔基本只授给伯爵爵位以上的武将，但这里面也分了级别，少将基本都