放代王回大同与恢复王弼爵位的决定，是王度建议的，同时也是朱允炆深思熟虑的结果。但是，支持他的人并不多。大部分朝臣认为代王属臣刺驾之事尚未查清，代王起码有失察之罪，应该交由宗人府、三法司裁决，皇帝不应该一句话就放走了，有姑息养奸之嫌。此事引起了刑部尚书暴昭的不满，上奏折指责朱允炆黑白不分；另外恢复王弼爵位也让人觉得皇帝有赏罚不明之嫌，刑部、大理寺、都察院也对此进行了弹劾。
总之，朱允炆的举动让朝臣很失望，但是却赢得了藩王和勋贵的赞赏，藩王纷纷上书表示对代王回藩的支持，而朝廷勋贵也为王弼之事与朝臣展开了辩论。
不过这些，朱允炆都不关注，因为他做这两件事情，都有其特殊目的，只是不足为外人道而已。
王弼最开始以为必死无疑，当得知惩罚是剥夺爵位时，松了一口气，有些庆幸；可没过多久，又觉得委屈，百战得来的爵位就因为一次失败就没有了？所以当朱元璋的死讯传到大宁时，王弼心中松了一口气，自己总算活了下来。新皇登基，放眼北方，没有比他资格更老的将军了，如同失去了束缚的老虎，顾盼生姿。今日朱允炆派人传旨，恢复其定远侯爵位，给予伯爵世袭劵，他高兴之余，却也有些遗憾和不满。
为更好的对天下的情况摸底，朱允炆对全国各布政使司派出监察御史，巡视各地的水旱情况，检查各地常平仓的储备情况，对一些欺上瞒下的官员进行罢黜，对一些忠心办事、体民疾苦的官员予以提拔。同时派五军都督府、兵部、都察院联合到各地卫所检查士兵的生存状况以及逃兵情况，令协调解决此类问题，切实保障边疆士兵的生活。
为开发辽东，朱允炆任命辽东马场牧监正高巍为安抚使，巡视辽东都司以北的土地、民情，辽东都司指挥使耿璇派军队保护。
瞿能养好伤之后，被安排到河南都司担任指挥使，原太孙左卫指挥使张伦任其副手，任指挥同知。瞿能和盛庸组成了京师的外围防线，这也是朱允炆以防万一的做法，他希望一旦有事，他们能把燕王朱棣挡在黄河以北，只要拖下去，朱棣必败无疑，毕竟根据洪武二十六年的统计，北平都司人口不足两百万人，十抽一也不过是二十多万，且粮食不足，无法久战。这是朱棣最大的劣势。
同时朱允炆调整了北平都指挥使和北平布政使，首先朱允炆让朝臣举荐，朝臣举荐工部侍郎张昺任北平布政使，河南都指挥佥事谢贵为北平都指挥使，福建都指挥佥事张信调任北平都指挥佥事。朱允炆看了这几个名字，久久不语，他知道这个张信，是告密燕王的第一号叛贼，不能用。张昺只是一介文官，如何能是燕王的对手呢？谢贵这个人他也不了解，估计也不是燕王的对手。
可是谁会是燕王的对手呢？这让朱允炆很犯难，最后他决定调锦衣卫指挥使宋忠为北平都指挥使，谢贵为都指挥同知，作为宋忠的副手。宋忠是做锦衣卫出身的，对阴谋诡计应该比一般人要强的多，靠阴谋诡计对付燕王还是不错的。至于北平布政使，朱允炆考虑很久，决定调河南布政使茹常担任北平布政使。
临行之前，朱允炆亲自召见了茹瑺和宋忠，他让茹常好好打理好北平的民政，同时和工部一起勘测淤塞的通惠河（积水潭到通州的运河）的情况，朝廷会在适当时候浚通通惠河，方便向北平运送粮草。另外要和宋忠亲密合作，让长城沿线的关口和开平等地军士无饥寒之忧，让他们安心保卫北疆。如果任满情况良好，会调他到京城任职。茹常感激涕零，领命而退。
对于宋忠，朱允炆答应他，可以从锦衣卫中挑选任何人手，带去北平，只是朱允炆提醒他，一定要提防燕王狗急跳墙，要注意自身安全，即使出现问题，也不责怪他。最后朱允炆和他交底