能毁灭他们的危险状况下依然“坚持着错误的传统”感到震惊。最高议会自大的认为他们的战士能击败异虫，因此塔萨达决定反抗最高议会。
塔萨达，泽拉图以及费尼克斯一起进攻到了最高议会的中心。但是塔萨达不愿看到同胞之间互相残杀，他向阿尔达瑞斯投降了。
泽拉图和他的黑暗圣堂武士再次消失，只留下新的执行官和费尼克斯在仅有的一点支持下继续反抗最高议会。在雷诺的帮助下，费尼克斯的部队击败了效忠于最高议会的军队并攻陷了塔萨达的监狱，释放了等待着审判来临的塔萨达。随后阿尔达瑞斯再度出现，动了最后一次进攻，重新俘获了塔萨达。然而他却被泽拉图及其跟随者伏击。泽拉图的挑衅迫使阿尔达瑞斯放弃了抓获的塔萨达。
3主宰之死泽拉图和在阿尔达瑞斯的攻击之后依然幸存的盟友一起计划了对异虫的攻击。泽拉图告诉了他的盟友主宰之所以如此危险的原因――它袭击了萨尔那家人。如果星灵无法击败异虫，整个宇宙的生命将被异虫毁灭。
费尼克斯计划率领他的部队去打击一个要的虫巢，与之同时，由泽拉图潜入这个巢穴，刺杀一个脑虫。他的计划成功了，泽拉图刺杀了一个脑虫使得主宰变得虚弱。当泽拉图与他的盟友们商量着对主宰进行最后一击的时候，阿尔达瑞斯赶来向塔萨达道歉，并承认要想击败异虫必须拥有黑暗圣堂武士的支持。
在战争末期，主宰试图逃走，但塔萨达使用了泽拉图传授于他的黑暗圣堂武士的力量，通过牺牲自我及其座舰吉安特里索尔，成功的摧毁了主宰。
（至此星际争霸1的游戏剧情结束）
4黑暗的庇护（此段已经入到母巢之战剧情）
“泽拉图，以星灵的尊严起誓，我们决不能从战场上逃走！艾尔是我们的家园，使我们必须誓死守护的地方！”
“像您的最高议会所做的？他们全阵亡了，阿尔达瑞斯，因为他们盲目的相信他们的骄傲。我们必须从失败中有所收获，才能完成我们的复仇。但是现在，执行官，我知道一个地方可以让我们休养生息。这便是夏库拉斯行星，黑暗圣堂武士的秘密家园。”阿尔达瑞斯和泽拉图。
在异虫肆虐的艾尔上，星灵的子民几乎损失了7o%。泽拉图分析星灵必须放弃艾尔，通过传送门撤退到黑暗圣堂武士的母星――夏库拉斯上，并迫使阿尔达瑞斯与新的大主教亚坦尼斯与其结为联盟。阿尔达瑞斯最后勉强同意了，在泽拉图的努力下，黑暗圣堂武士并没有如同最高议会一般表现出对同胞的不友好。泽拉图亲自率领着星灵的难民抵达了传送门，费尼克斯和雷诺早已在那等候，而他们也决定留在艾尔保护难民撤退。
然而异虫跟随星灵的脚步穿过传送门到达了夏库拉斯上。泽拉图最终告知了女酋长拉萨加尔关于艾尔的沦陷。阿尔达瑞斯和拉萨加尔都承认虫群将极大地威胁到夏库拉斯行星，因此瑞泽格尔提出了一个建议，激活萨尔那家神庙的能量以清洗夏库拉斯上的异虫。但是激活神庙需要使用遗失双子水晶乌拉什和克哈莱斯。先，她命令道消灭盘踞在神庙附近的两个虫群脑虫。
在黑暗圣堂武士完成了对两个脑虫的刺杀后，凯瑞甘出现了，并向瑞泽格尔提供了一些情报。尽管泽拉图和阿尔达瑞斯不信任凯瑞甘，瑞泽格尔依然决定将其留在她的要塞里。
4.1靠不住的同盟凯瑞甘告诉星灵，在查尔上，一些脑虫自行合并形成了一个新的主宰。泽拉图很难相信这一事实，并且他提出现在他的要任务是守护夏库拉斯行星。凯瑞甘则表示她将向星灵提供帮助。因为拉萨加尔信任凯瑞甘导致阿尔达瑞斯愤然离场。拉萨加尔告诉他们乌拉什水晶再布莱克西斯行星上，并告诉他们在其复苏前绝不能