但她的高考分数跟艺术院校的录取标准相差11分，中戏招生组的老师都为之惋惜，但他们没有轻易在巩莉的名字上打叉，招生组郑重其事地写了一份报告呈交给上级主管部门文化部艺术教育司，要求对录取巩莉予以特别批准。文化部艺术教育司的批复很快下达了，批准了中戏的要求。同年，巩莉走入了中央戏剧学院表演系的大门。
看到没有，巩皇的惊才绝艳是震惊整个中戏，中戏为了她，竟然给上级主管部门写报告，这种情况在中戏历史上绝无仅有，可见她在演戏方面的天才早就被认可的。
当然她也很幸运，遇到了善于发现美的张艺某发掘出她的亮点，让她更加璀璨亮眼。
巩莉和张艺某在一起后，为这件事还征求过家人的意见，家人全都反对，主要考虑是张艺某年纪太大了，尽管如此，巩莉还是很坚决地要跟张艺某在一起，家人也就没再管。
1990年，巩莉和张艺某继续合作第三部电影《菊豆》，获得第43届戛纳国际电影节布努埃尔特别奖，并提名第63届奥斯卡金像奖最佳外语片，成为首部提名该奖项的华语影片。
1991年，巩莉主演张艺某导演集大成之作《大红灯笼高高挂》，影片摘得第48届威尼斯国际电影节银狮奖，并提名第64届奥斯卡金像奖最佳外语片，巩俐应邀出席当年的奥斯卡金像奖颁奖典礼，该片成为巩莉在海外最知名的作品之一。
1992年，巩莉主演《秋菊打官司》，这片摘得第49届威尼斯国际电影节最高奖金狮奖，她本人得到金鸡奖影后，并在第49届威尼斯国际电影节获得最佳女演员奖。
1993年，巩莉跟陈凯哥合作，主演《霸王别姬》，该片获得第46届戛纳国际电影节最高奖金棕榈奖和霉国金球奖最佳外语片奖。
1994年，巩莉和张艺某合作影片《活着》，获得第47届戛纳国际电影节评委会大奖。
1995年，巩莉主演与张艺某长达八年恋情的分手之作《摇啊摇，摇到外婆桥》，并演唱全片所有曲目，这个片获得戛纳国际电影节技术大奖，巩莉应邀出席当年的金球奖颁奖典礼。
1996年，巩莉和陈凯哥、张果荣再次合作电影《风月》，入围当年的戛纳电影节的主竞赛单元，巩莉第二次提名香江电影金像奖最佳女主角。
1997年这一年，巩莉主演了美籍华人导演王颖的《中国匣》，该片入围威尼斯国际电影节主竞赛单元，并获得最佳配乐奖。
这一年，巩莉受邀担任第50届戛纳国际电影节主竞赛单元评委，成为首位担任戛纳电影节主单元评委的华人。
在此期间，巩莉还拍了不少香江娱乐片，是最早出演香江影坛商业片女主角的内地女星，如《天龙八部之天山童姥》、《唐伯虎点秋香》、《西楚霸王》等，其中《唐伯虎点秋香》获得当年香江年度电影票房榜第一名。
这个期间，如果说巩莉是内地乃至整个华语电影第一号女星，恐怕是没人反对，乃至到了后来一二十年，巩莉在影坛的江湖地位都无人能及，便是章子仪也只是接近而无法超越。
便是香江那么瞧不起内地人的地方，跟巩莉合作时，也只得把第一女主角交给巩莉去演，其实很多内地演技精湛的演员到了香江还是相当受人尊重的，像陈到明在《无间道》里演了一回，让所有香江演员都惊叹不已。
当然，巩莉在星爷的片子《唐伯虎点秋香》《上海滩赌圣》里面根本没有发挥出来，大约是因为，她擅长演正剧，并不擅长演喜剧片。
对卢冲来说，从巩莉早期的影片里很难看到她的美，直到后世那部《满城尽带黄金甲》，他终于get到她的美了，这种丰腴的成熟