慈焕出兵之前的承诺，只是将首犯马鸣禄、三个军卫的指挥使，公审后当众斩首，家眷尽数赦免。
府衙同知以上官员，卫所千户以上官员全定为从犯，每人罚银五千两，算是以钱赎罪，罚没的银子全用来修葺，在此战中损毁的大运河上石桥。其他府衙官吏、参与叛乱的军士、士绅、富商则尽数赦免。
众人本以为方原在平定了扬州叛乱后会掀起一番腥风血雨的杀戮来震慑整个扬州府，但他却轻描淡写的从轻发落，只在有限范围内斩首了首犯，不由得全都松了口气。
数日间，大大小小的士绅，山陕商帮、徽商商帮的富商都来府衙拜见了方原，表明了支持方原领导扬州府的立场。
方原在扬州府再次公布了田赋、商税、钞关关税的政策，这一下整个扬州府衙官吏是彻底的服从。叛乱之后，方原非但没有严加惩处，反而还尊重了他们的相关利益，一个个是如遇大赦，齐齐表明了全力支持方原在扬州府工作的决心。
: