飞船中设立了一座天空研究站，用来研究异形，希望能够将它们成功的训练成高效的武器。
他们找到了当年雷普莉检查身体时冷冻保藏下来的血液样本，用这些血液来克隆雷普莉，以及她体内的异形皇后。
女主角是第八个克隆人，在她之前的克隆人都存在着瑕疵，身体表现出异形的特征，比较接近的七号克隆人也只是拥有人类的上半生，其余部分仍然是属于异形的。
成功的复制出雷普莉，也即是编号为八的实验题后，异形皇后也一同被复制了出来，并在雷普莉的体内孕育成功。
随后研究人员从雷普莉的身体中取出了异形皇后，并借此开始繁殖异形。
而生育出异形皇后之后，雷普莉并没有被研究人员丢弃。因为体内基因和异形皇后的基因相融合，雷普莉表现出强大的学习能力和强壮的体质，而且身体也有了一些异形的特征，比如她的血液同样具有强烈的腐蚀性。
虽然研究人员对雷普莉的表现感到惊喜，但是这座研究站的管理者佩雷斯将军并不喜欢雷普莉，因为雷普莉在生前一直在努力消灭异形，他并不想这一个雷普莉重操旧业。不过，雷普莉依然作为一个副产品被保存了下来。
为了让异形繁殖，佩雷斯从雇佣兵的手中购买被抢夺来的人类，让他们被抱脸虫寄生，从而用自己的身体孕育出异形。
剧情开始的时候，和佩雷斯将军和做的雇佣兵驾驶贝蒂号走私船进入研究站，只是这一次他们中有了一个新成员，想要毁掉研究站中异性研究的生化人柯儿。
柯儿想要杀死孕育异形皇后的雷普莉，却失望的发现，异形皇后已经诞生了。
之后柯儿被抓住，并导致雇佣兵和军方守卫在餐厅发生战斗，雇佣兵赢得了这场战斗的胜利。
在另一边，关押异形的牢笼中，两只异形杀死了第三只异形，用它具有强烈腐蚀性的血液烧穿了地板，并成功的逃脱，并在随后开始了对飞船内人员的屠杀。
发现异形逃出后，飞船中开始了撤离程序，佩雷斯将军在这期间被异形杀死。
雷普莉汇合了雇佣兵们，试图前往他们的贝蒂号飞船逃离这里，期间他们发现飞船正在飞回地球，为了不让地球遭到飞船中异形的毁灭，柯儿链接了飞船的管理系统，发现无法使飞船爆炸后，她改变飞船的程序，让飞船将会因为撞击而毁灭。
不过，在此之前，他们比如进入贝蒂号逃生，否则他们也将会陪着飞船一起毁掉。
在异形的一路追杀外加陷阱后，最后之后几个人逃回了贝蒂号，但是在途中雷普莉却被异形女皇抓走。
在异形女皇的巢穴中，雷普莉见证了它诞生出一只特殊的异形。
因为融入了雷普莉的基因，此时的异形女王获得了人类的生殖系统。不再需要产卵，也不再需要寄生的过程，异形女皇将直接生产出异形。
一只和过去的异形在形态上截然不同的异形被身产出来，它同样具有生殖能力，而且是类似于人类的生殖能力，同时也比过去的那些异形更加强大。
或许是因为同样是人了基因和异性基因的混杂，这只新的异形认为雷普莉是自己的母亲，并且十分亲近她。而那只生育了它的异形女皇，它在出生后就非常轻易的杀死了异形女皇。
趁着这只新异形被巢穴中其他人注意的机会，雷普莉逃了出去，并在最后赶上了即将起飞的贝蒂号飞船。
只不过，最后那只新异形也进入了飞船中。
雷普莉将自己的血液摔在了飞船舱门的玻璃上，血液腐蚀了玻璃，因为飞船内外压力的不同，距离的力量把异形吸在了飞船缺口上，并最