来一直苦恋巴蒂，多次追求未果的莫拉蒂终于得偿所愿，虽然巴蒂已不复当年之勇，加盟国米后的半个赛季仅攻入两球，但能看见巴蒂穿上国际米兰的球衣，也算是了却了莫拉蒂和众多国米球迷多年的心愿。赛季结束后，巴蒂接受了卡塔尔足协盛情的邀请，加盟了卡塔尔联赛的多哈阿拉伯人队，成为了又一位登陆海湾国家足球联赛的世界巨星，在西亚的头一个赛季，巴蒂再次以25球成为了最佳射手，人们似乎又看到了当年那个无所不能的紫百合之王。
2005年3月，由于伤病的原因，巴蒂不愿白拿俱乐部的薪水，随即宣布正式退役，[17]一代战神的绿茵生涯就此谢幕。
国家队生涯
巴蒂在17岁的时候就进入了阿根廷国青队，到了1991年智利美洲杯，22岁的巴蒂正式披上了国家队的蓝白色战袍，出战美洲杯赛，一举成名。他以6粒入球帮助阿根廷队捧得金杯，并赢得最佳射手的称号，从此在国际足坛上刮起了巴蒂旋风。
1992年10月，巴蒂代表国家队参加了在沙特举行的第1届法赫德国王杯足球赛（联合会杯前身），并最终在那里夺得了冠军，巴蒂也成为了那届杯赛的最佳射手。
1993年厄瓜多尔美洲杯，阿根廷队一路过关斩将，巴蒂在决赛中攻进两球，帮助球队以1比1战胜了墨西哥，[19]阿根廷队成功卫冕美洲杯冠军。
1994年，巴蒂斯图塔第一次以主力身份参加美国世界杯赛，首场对希腊队的比赛中开场两分钟巴蒂就为球队先下一城，随后他上演了帽子戏法，一时风头无两，全队夺冠形势大好。不料中途爆出老队长马拉多纳因在尿检中呈阳性被国际足联禁赛的传闻，阿根廷全队士气大跌，最终被那届杯赛的“大黑马”罗马尼亚队挤出八强，巴蒂在这届世界杯中4场比赛打入4球。
1995年1月6日，阿根廷队以美洲杯冠军身份参加了在沙特举行的第2届法赫德国王杯足球赛（联合会杯前身），这也是巴蒂第二次随队出征联合会杯赛，不过阿根廷队在最终的决赛中不敌丹麦队屈居亚军。
1998年，阿根廷进入后马拉多纳时代，带着所有阿根廷人的希望，巴蒂参加了法国世界杯，这届杯赛巴蒂的个人发挥十分出色，先是在对阵小组赛首场比赛攻破日本队大门，随后又在对阵牙买加的比赛中巴蒂上演了帽子戏法，成为了迄今为止唯一一位连续两届世界杯赛上演帽子戏法的球员。[21]在十六强淘汰英格兰的比赛中也打入一记点球，然而失去了马拉多纳等众多黄金一代球员的阿根廷队还是没能一路高歌，在八强赛中遗憾负于当时同样兵强马壮的荷兰队，无缘四强。虽然在这届杯赛帮助球队打进了五个进球，但是巴蒂依然对没能带领球队更进一步深感内疚。
2002年，巴蒂毫无意外地入选了阿根廷国家队出征韩日世界杯的阵容，谁都知道，这是巴蒂在世界杯赛场上最后一次实现自己毕生梦想的机会。尽管在这届杯赛开赛前的抽签仪式上阿根廷运气不佳，被分到了本届世界杯名副其实的“死亡之组”中。然而，几乎所有人都对阿根廷的世界杯前景充满了乐观，因为这届的阿根廷队的星光熠熠，其阵容指数绝对不会比其他任何一支球队差。于是，顶着史上最强大阿根廷队的光环，巴蒂和他的队友们来到了日本。在首场比赛开赛前，当人们还在为着克雷斯波和巴蒂斯图塔究竟谁应该先发的问题而争论不休时，巴蒂却已经在同尼日利亚队的比赛当中早早进球了！那时在看台上狂喜的球迷们或许都不会想到，这竟然就是巴蒂在世界杯上的最后一球，也是他为蓝白军团奉献的最后一个进球，在随后对阵英格兰的第二场小组赛中，凭借贝克汉姆“复仇式”的点球射进后，阿根廷最终以0比1告负。
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