2比2战平瑞典队的友谊赛中，范巴斯滕完成了荷兰国家队执教首秀。[40] 9月3日，在荷兰队3比0战胜列支敦士登队的友谊赛中，范巴斯滕迎来了执教荷兰国家队的首场胜利。
2005年10月8日，范巴斯滕率领荷兰队在世界杯欧洲区预选赛中2比0战胜捷克队，从而提前1轮晋级2006年德国世界杯决赛圈。[42]整届世界杯预选赛，范巴斯滕带领荷兰队在12场比赛中取得10胜2平的不败战绩，以小组头名的身份进军德国世界杯。
2006年6月，范巴斯滕带领荷兰国家队出征德国世界杯。6月11日，在荷兰队1比0战胜塞尔维亚和黑山国家队的小组赛首场比赛中，范巴斯滕首次以主教练的身份在世界杯中亮相。6月16日，范巴斯滕率领荷兰队在第二场小组赛中2比1战胜科特迪瓦队，从而提前获得了进入世界杯淘汰赛阶段的资格。[44] 6月25日，荷兰队在八分之一决赛中0比1不敌葡萄牙队被淘汰出局，范巴斯滕在比赛中弃用鲁德·范尼斯特鲁伊，将德克·库伊特安排在了中锋的位置上，鲁德·范尼斯特鲁伊为此与范巴斯滕产生了矛盾，并宣称退出荷兰国家队。
2007年8月，范巴斯滕与鲁德·范尼斯特鲁伊矛盾化解，并将其重新召回荷兰国家队。11月17日，范巴斯滕率领荷兰队在欧洲杯预选赛中1比0战胜卢森堡，从而获得了晋级2008年欧洲杯决赛圈的资格。整届欧洲杯预选赛，范巴斯滕带领荷兰取得了8胜2平2负的战绩，以小组第二名的身份晋级2008年欧洲杯正赛。12月16日，范巴斯滕宣布在2008年欧洲杯结束后不再担任荷兰国家队主教练一职。
2008年6月，范巴斯滕带领荷兰国家队出征欧洲杯。6月9日至6月17日，范巴斯滕在欧洲杯小组赛阶段率领荷兰队分别以3比0、4比1、2比0的比分击败意大利队，法国队、罗马尼亚队，以小组头名的身份晋级淘汰赛。[50] 6月21日，范巴斯滕率领的荷兰队在四分之一决赛中以1比3爆冷负于俄罗斯队，从而无缘半决赛。欧洲杯结束后，范巴斯滕正式卸任荷兰国家队主教练。
执教阿贾克斯时期
2008年2月，范巴斯滕还在执教荷兰国家队期间就与荷甲阿贾克斯足球俱乐部签订了一份为期四年的执教合同，合同自2008年7月1日起开始生效。
2008年8月30日，在阿贾克斯1比2负于威廉二世的荷甲首轮比赛中，范巴斯滕首次以主教练的身份在荷甲联赛中亮相。11月16日，范巴斯滕率领阿贾克斯在荷甲第11轮4比1大胜老对手埃因霍温，从而登上了积分榜榜首的位置。2009年1月至2月，范巴斯滕率领的阿贾克斯分别在荷甲第19、20、22轮负于格罗宁根、海伦芬、维特斯，阿贾克斯为此从积分榜第二滑落至第三。3月18日，范巴斯滕率领阿贾克斯在欧洲联盟杯八分之一决赛第二回合对阵马赛，阿贾克斯最终在加时赛中被马赛2比2逼平，从而以两回合3比4的总比分被淘汰出局。4月19日，范巴斯滕执教的阿贾克斯在荷甲第31轮以2比6惨败于埃因霍温。 5月7日，范巴斯滕宣布提前辞去阿贾克斯主教练一职。 2008-09赛季，范巴斯滕率领阿贾克斯在33轮荷甲联赛中取得了20胜5平8负的战绩，帮助阿贾克斯以68分的积分夺得荷甲第三名。
海伦芬
2012年2月，范巴斯滕在家赋闲三年后接受了荷甲海伦芬足球俱乐部的邀请，于2012-13赛季开始出任海伦芬主教练。[56]
2012年8月，范巴斯滕率领海伦芬在欧洲联盟杯两回合附加赛中以4比1击败挪威的莫尔德晋级正赛。2012-13赛季，范巴斯滕率领海伦芬在荷