宁府所辖的七个县、一个州全部被秦国占领，辖区总人口为一百五十多万。
占领整个汝宁府后，赵钦卫的兵力显得捉襟见肘，再也无法分兵攻取其它地方。明军新败，杨嗣昌的主力在对付李自成、张献忠，暂时也无法分兵攻打秦国。
对于立功的人员，赵钦卫当然要论功行赏，把张焱、皇甫子期晋升为都司，官阶为正四品；庄蒙少、匡士康晋升为副都司，官阶为从四品。还有不少参战人员获得晋升。
由于地盘扩大到一个府，势必要任命文官治理。赵钦卫任命卢帆新为汝宁府知府，官阶为正四品。
对于新归顺的人员，赵钦卫任命乔银荃为副都司，官阶为从四品；任命李化鲸为守备，官阶为正五品。
对于武将的官职，赵钦卫用文书的形式确定下来。官职级别如下：总兵（正二品，相当于现代的军区司令）、副将（从二品）、参将（正三品，相当于现代的军长）、副参将（从三品）、都司（正四品，相当于现代的师长）、副都司（从四品）、守备（正五品，相当于旅长）、副守备（从五品）、千总（正六品，相当于团长）、副千总（从六品）、把总（正七品，相当于营长）、副把总（从七品）、总旗（正八品，相当于连长）、副总旗（从八品）、小旗（正九品，相当于排长）、副小旗（从九品）、班长（从九品）。
秦国各项工作在如火如荼地开展，包括征召训练新兵、开仓赈济、分配土地、打造兵器等等。到五月底，共征兵四万人，加上原本在信阳征收的三万人，秦国一共有七万新兵。
新的政权，军务、政务都有相应的人管理，负责监督的部门是必不可少的，赵钦卫成了督察部，让邓玉龙暂时兼任督察史、钟召云兼任督察副史。军队系统、文官系统皆受其监督。百姓如果发现官吏、武将、士兵有不法行为，可到督察部举报。
军队官兵、文官官吏的军饷、俸禄，平常由督察部派驻的人直接发放到每个人手上，不经手任何一个军官，让文武官员无从贪污克扣。
对于训练新兵，赵钦卫采用的是以老带新的方式，除了大团队训练外，平常小团体的训练，就以原本在长业帮起家的那批老兵为基础，每一个老兵带八个新兵。由这八千多名老兵组成秦军的骨干，几乎每人都当上了军官，最低级的都当上了班长。赵钦卫在鸡公山对于一万多帮众的训练、学习，所起到的作用，相当于我国近代史上黄埔军校所起到的作用。
至于那八千多降兵，由于秦国给予的士兵的军饷高，加上可以分配土地并且免收3年的租金，大多数都愿意留下来当秦国的士兵，但除了刘泽清那一千多亲卫外，其他人参差不齐，最后经过筛选，有四千人成为了秦军的一员。
由于刘泽清的部下军纪败坏，这些原本跟着他的降兵以前抢掠惯了，自从加入秦军后，虽然秦军军规严格，但还是有少数人抱有侥幸的心里违反军规，在半个月内就有7人因为违反军规被处决，有15人被打军棍，21人被革职。其他降兵才彻底警醒，老老实实地严守军规。
对于扩大地盘，赵钦卫采取的战略方针是稳扎稳打、步步为营，每占领一个地方，就巩固一个地方。因为他可以打造出一支在野战方面连清兵都不是其对手的强兵，何况是战斗力更差的明兵，所以没必要进行运动战、游击战。有了自己的根据地，可以持续补充兵员和给养，安置伤病员。
远在京城的崇祯，得知刘泽清兵败投降，简直要气炸了。崇王朱由樻被俘后，赵钦卫以此为要挟向崇祯索要赎金，更是令他颜面大损。被气坏了的崇祯，下旨将李仙凤革职问罪，由高名衡接任何南巡抚一职。
崇祯一度有让杨嗣昌先放松围剿张献忠、李自成，先回兵围剿赵钦