经过一番紧张的运作，西乡隆盛将整个军团编为八番联队：
一番为西乡的警卫联队；
二番指挥长为筱原国干；
三番指挥长为村田新八；
四番指挥长为永山弥一郎；
五番指挥长为桐野利秋；
六番指挥长为池上四郎；
七番指挥长为兜玉强之助；
八番指挥长为越山休藏。
每番各有十个大队，五千兵力，总兵力为四万人，后续到来的武士在鹿儿岛训练待命，由岛津久光指挥，以备调用。
在武士军团这八个联队中，一番、二番和七番总共一万五千武士，几乎清一色由本地的萨摩藩士组成，两万五千支步枪中超过一半，包括所有的四斤炮，都配备给了这三大联队，其战斗力最为强悍，算得上是西乡隆盛的“嫡系部队”。
其余联队则是以燧发枪和铁炮为主要装备，有的甚至仅使用武士刀。
5月6日，鹿儿岛鹤丸城，武士军团召开军事会议。
西乡隆盛的另一个弟弟西乡小兵卫提出：从之前的情报看，淡水厅有数千装备精良的地方部队，不如分兵一路进攻台湾西南的安平港，占领府城，对淡水厅形成夹击之势。
这个提议立即被西乡隆盛否决，他精通战略，知道要分化敌人，现在主要的目标是夏云桐这个奸贼，如果进攻府城，会迫使清廷加入，局势会变得复杂。
而且天皇御敕明言非与清国开战，只问罪于夏云桐，进攻府城显然有违“圣命”。
西乡小兵卫又提出，此时在台南的西乡从道补给困难，或可派兵与其会师。
这次几乎所有人都反对，武士们被压抑得太久，现在正要大展拳脚，又岂能与那些“农民兵”为伍？
打下台湾算谁的功劳？
经过一番激烈的争论，最后由西乡隆盛拍板决定，以五番与七番两个联队为先锋，正面冲击淡水厅，寻找突破口，再以主力攻入，横扫台北，血洗山河，一洗多年来的郁积之气。
计划已定，武士们士气高昂，西乡夸口道：“王师一到，莫不闻檄而定，半月之内就能将奸贼夏云桐献于天皇阙下。休养一番后便攻略全台湾，随后便大举征韩、伐清，不出三年就能奉天皇陛下于北京城，方显我平生之志。”
5月11日，九州鹿儿岛港，武士军团的先锋军，五番和七番两个联队上万兵力，正在列队登船，旌旗如林。
武士军团的服装与政府军有着显著的区别，此时的陆军军服仿制美国南北战争时期北方军队的式样，一身的深蓝色。
而武士们扎着绑腿，宽大的裤子有点像裙子，上身还穿着披风样的外套。
精锐的七番联队的武士人人腰里别刀，肩上还背着步枪；而五番则明显待遇不同，由于枪支不足，一多半武士只能担任“拔刀队”的角色，专门进行近战。
眼看着风云变色，士气如虹，西乡隆盛不禁心潮起伏，吟诗铭志：
“男儿立志出乡关，
学不成名死不还。
埋骨何须桑梓地，
人生无处不青山。”
战争阴云笼罩着台海，中日两国不用说都绷紧了神经，甚至西方列强也高度关注着局势的发展，世界主要媒体都派来记者做专门的报道。
英国的《泰晤士报》、《每日电讯报》；法国的《费加罗报》；美国的《圣路易通讯报》和《纽约论坛报》；德国的《福斯新闻》和《北德意志汇报》等等，纷纷在上海、香港，甚至在沪尾港就近设点，实时报道。