与此同时，桦山资纪也在住处，被一群破门而入的士兵团团包围，面对七八个黑洞洞的枪口，他只能颓然放下手中的武士刀。
清水右兵卫和岩崎弥太郎都是被堵在了门口，束手就擒。
别府晋介则是企图反抗，腿上中了一枪。
水野遵眼看无法逃脱，想要剖腹自杀，结果被一拥而上的义勇军打晕了。
只有涩谷荣一化妆成老太太，居然逃过了围捕，直到企图登上客轮连夜出逃时，在码头被封锁的军官识破。
到了3月30日，包括第一国立银行、三菱商行、仓田屋在内，几乎所有的日本企业商铺全部被查封，资产被没收，加上被扣押的五艘轮船以及相应货物，总价值数千万日元，一夜之间被夏云桐全部拿下，大批日本商人、浪人被驱逐，日本在淡水厅经营许久的势力，几乎被一网打尽。
甚至到了31日，又有一艘日本轮船“健顺丸”入港，这已经是第六艘，不过之后就没有轮船进来，也许是后续的轮船总算发现了异常。
夏云桐下令将六艘轮船连同货物，全部转运到沪尾港！
31日，夏云桐向基隆城发布公告：
日本帝国已经入侵台南，很快也会入侵基隆，到时候难免烧杀抢掠，为避免悲剧发生，要求全部居民弃城南撤，退到月眉山南侧，那里已经兴建了大批居民点，可以进行临时安置。
同时要求基隆居民尽量带走一切物质，不给敌人留下一粒米、一根柴草。
夏云桐知道等日本政府反应过来，大举进攻，还有一段时间，但现在就开始撤离，时间上会从容许多，等敌人攻进来，发现只是一座空城，表情一定会很忧伤。
他还向上海发电，让郑观应联络《申报》，准备刊登重磅新闻。
身处台南的日本远征军，对于远端发生的事情一无所知，西乡从道只是感到奇怪，按照计划，这几天应该会有轮船送来补给，为什么到现在一艘也看不到。
当地番民也已经知道日军登陆，惊惧不已，瑯峤十八社的大头目周劳束，率领小麻里社、蚊蟀社、龙兰社、加知来社等，前来问候日军，并手捧牛、鸡示好，唯独不见高士佛社和牡丹社，正是这两社被日军认定为凶手。
4月1日，西乡从道不愿傻等，命令部队“进剿”。
日军兵分三路，分别由少将谷干城、少将赤松则良、中佐佐九间左马太率领，越过四重溪，向牡丹社出发。
4月2日，中路谷干城一部在石门，与埋伏在此的牡丹社、高士佛社发生激战，杀死了许多番人，击毙了牡丹社酋长阿禄父子，日军也有数人阵亡。
到了4月4日，牡丹社与高士佛社终于派人来求和，声称原先杀死渔民，只是误以为他们是汉人，还把所有的责任都推到了失去的阿禄父子身上。
这些番人既没有中国人或清朝人的概念，甚至也没有台湾人的概念，见日军势大便曲意逢迎，愿意听从日本帝国的命令。