，其中民户军户各半，依据丁粮多寡在军户中选出一人担任甲长，民户中各选出一人担任副甲长。
甲长负责甲内兵丁操练和军械保养，临战时组织甲内兵丁抗敌。副甲长负责催缴钱粮和甲内耕牛的养护。平日里正副甲长相互监督避免欺下瞒上。每五年需更换一次，以免久居一职心生懒惰。
每十甲编为一里，正副里长由十名甲长轮流担任。先后顺序根据下辖甲内丁粮多寡预先编排，每一年轮换一次，五年正好可以轮换完毕。
为了堡内兵丁免除后顾之忧，男丁战死后的鳏寡人家，称为畸零户单独编为一里。平日里不征役粮，堡内每月还会调拨下抚恤金，以示安抚。
为防清官难断家务事，又设立了‘老人制’。规定在里甲之内，凡年龄在五十岁以上有威望的老者，每里推选三到十人。负责解决百姓之间家长里短的纠纷，督导军民勤务农桑的同时劝人向善。还有轻微的司法权，可以处理军民间的小争端，如果里长甲长行为不轨也可向子仁汇报。
为防止有外人混入堡内生事，子仁效仿新建候‘王守仁’平定宁王‘朱宸濠’之乱时，曾经设立‘十家牌法’。规定一甲发售一牌，每天轮流由一人持牌，调查十家之内有无可疑之人，随时向甲长里长报告。
堡内军匠单独编成一里，丁守铁担任里长，甲长择手艺精湛的军匠担任。
因辽东镇不设州县，子仁即是长宁堡的最高将领，又是最高民政长官，如此一来不免分身乏术。设长宁堡军政处。由丁碧、丁守铁、王命硬，周大岐、韩世勇、崔得胜、雷振威七人任职，自己不在堡时堡内大事由众人商议决定，如果争议过大则进行票拟。
此举效仿了大明惯用的大小相制，堡内众人各司其职且相互制约，无法行成第二权力核心同子仁对抗。大伙见自家大人放出了部分权利，纷纷对此表示赞同。
子仁随后将堡内事物稍事安排，便起身和丁有财等人一同前往辽阳。
谁知刚走到堡门，就看到驻守马场的王学道拍马赶来，学道翻身下马后喘着粗气说道：“丁大人，边墙外来近百名蒙古鞑子，也不兴兵攻打敌台只是派人着城上呜呜喳喳的叫唤。驻守兵丁中有几人略通蒙语，听他们的说法好像是要入边投奔我大明，还请您定夺。”
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