设立‘第三海防舰队’。司令部驻旅顺，该舰队负责山东、直隶、辽阳三省沿海防务。
设立‘第四海防舰队’，司令部驻海参崴，该舰队负责吉林省（含库页岛）。
设立‘第五海防舰队’。司令部驻庙街，该舰队负责新东省的沿海防务。
上述五支海防舰队具有非常明显的特征，那就是都是属于本土守备舰队，为了避免发生和以往那种区域舰队和远洋舰队进行混淆的情况，海军方面是着重强调，上述海防舰队之权限。只在于辖区内的港口守备、沿海日常巡逻，原则上不配属具备远洋航行能力的船只。
上述海防舰队下属再设立若干防区，比如第一海防舰队，将会设立广州海防区、台湾海防区、福建海防区。
撤销南洋、东洋、北海三大舰队，并改设五支海防舰队后，腾出来的那些远洋战舰清一色加入主力舰队之中。
主力舰队将会以第一舰队的基础上，增设第二舰队以及第三舰队。
其中的第一舰队依旧会是决战舰队，第二舰队将会是二线兵力舰队，第三舰队则是后备训练舰队。
此外，太平洋舰队（驻日）、夏威夷特遣舰队因为其特殊性，所以不会进行过多的改变，只是太平洋舰队的名字有所变化，太平洋舰队被改称为‘日本特遣舰队’。
这些海军编制的改变，多是行政编制的改进，对于海军的具体战术以及战舰的使用不会发生过多的变化。
不过，也时出现了一定的问题，比如说以往是北海舰队独立承担了对阿留申海域乃至阿拉斯加的海上防务，如今北海舰队都被撤销了，接替的第五海防舰队只剩下若干近海炮舰而已，自然是无法承担阿留申海域的作战事务了。
因此，海军将会从第一舰队或者从第二舰队抽调分舰队北上碧德港，然后参与对这一方向的战事。
同样的事也发生在南海上，比如越南、泰国等沿海的原本其他海上防务，比如偶尔派艘战舰去欺负欺负泰国人之类的，以前这种事都是南洋舰队所负责，如今也是需要第一舰队、第二舰队承担起来。
这些外派到北太平洋海域或者南海海域的战舰，多是以临时的某某特遣舰队或者机动舰队为名。
如此也就是慢慢造成了另外一种情况，那就是第一舰队、第二舰队、第三舰队慢慢演变为了一种纯行政编制，不再具体负责海战，具体的海战，将会交由下属特设的特遣舰队或者机动舰队等负责。
但是值得注意的是，第一舰队虽然嫡属于海军部大臣管理，但是各支特遣舰队的作战，则是由海军作战部部长负责，而该部长并不向海军部大臣负责，而是直接向统帅部负责，也就是直接向皇帝负责。
这种事其实是非常典型的军政和军令分离，林哲推动军政和军令分离，这和对部队的战斗力提高与否无关，最重要的还是为了加强自身对部队的掌控力。
那啥，凡是推动军政军训军令分离的举动，其出发点就肯定不是为了提高军队的战斗力，而是为了提高当权者对军队的掌控力度。
如今的林哲对海军的这些改革推动同样也是如此，这一次的改革，也就代表着海军的独立性被大大的削弱。
尤其是林达标这个海军部大臣的实际权力，已经是被极大的削弱了，他这个海军部大臣名义上是负责统筹所有海军事务，但实际上他只能管理海军的行政事务，而海军的作战以及训练事务，都是绕过了他，由林哲垂直管理海军作战部部长。
海军推动行政改革的同时，帝国的后羿号二等铁甲舰也是随着蚩尤号正式服役，后羿号的服役，不仅仅是进一步加强了帝国海军的实力，同样也是宣告