路奇亚和骑拉帝纳
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲岛上的神奇宝贝屋。不久之后，红莲岛的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外熔岩队和海洋队的首领唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。敌对组织银河队使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和银河队首领赤日进入了毁坏的世界，之后这个入口的关闭让神奥地区恢复了平和。
在近年，以Ｎ为首的等离子队在合众地区活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放神奇宝贝，实际上在酝酿更大的阴谋。而N则为他的理想收服了捷克罗姆或莱希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在合众八位道馆馆主的帮助下，唤醒了另一条龙神奇宝贝在Ｎ的城堡及时阻止了N，但N幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，N乘着捷克罗姆或莱希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在主角的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地区的风波被平定。
2年后，等离子队分裂成两派。魁奇思带领等离子队企图用酋雷姆的力量把合众地方冰冻，后来被主角及N阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆B2或莱希拉姆W2合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地方免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地区的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯X或伊裴尔塔尔Y。主角制伏了它们以后，卡洛斯地方3000年前的国王ＡＺ的后代，闪焰队首领弗拉达利使用能进行超级进化的神奇宝贝打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。ＡＺ与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地方脱离了危险。
文化
彩幽大会
在神奇宝贝世界，神奇宝贝和人类一起生存，作为训练家的人类会收服神奇宝贝，训练神奇宝贝，和神奇宝贝一起对战，神奇宝贝培育，或者把神奇宝贝作为宠物，亦或作为一门研究的学科，或利用神奇宝贝的能力完成各种工作。许多神奥传说也说人类与神奇宝贝的关系非常亲近，历史上甚至有一段不分彼此的时期。
广义地说，神奇宝贝训练本身就是基于两个这样的问题：训练家和神奇宝贝应该有怎样的关系，如何才能增进这种关系。因为有着不同的观点，不同的训练家也会有不同的训练方式，专长于不同的领域。并没有任何一种方式是正确的训练方式，每一种方式都有其有利于不利的一面。
然而，许多训练方式最终其实都分属两类。第一类是专注神奇宝贝的感受和幸福，建立强大的友谊；第二类是专注于神奇宝贝的力量和能力。训练家经常会为这两种观点争执不休。在神奇宝贝系列的价值观里，则突出地强调训练家与神奇宝贝之间，友情才是最重要的，而只要有爱与关心，就能发挥出任何神奇宝贝的强大力量。
神奇宝贝世界史显然与现实世界不同，并侧重于描写人类与神奇宝贝相处的部分。在世界上并没有主要的宗教，但许多信仰和神话都围绕着传说的神奇宝贝，所以也可以说，神奇宝贝是这个世界人类的主要信仰。而且，许多人类都对神奇宝贝表现出友好和尊重，世界各地也有与神话传说相关的神殿。
然而，也有许多人希望利用神奇宝贝满足自己的野心。有些人希望获得物质的收获，而有些人则希望达成一些不被这个世界接受的理想。另外，至少在历史上，神奇宝贝世界曾有过战争，并且分属不同阵