攻下拉萨门户喇哩，在这里安营扎寨，等候大军主力。正是乘胜进攻的大好时机的关键时刻，却接到了胤禵从青海传来的勿要轻举妄动的命令。岳钟琪甚为焦急，积极向噶尔弼进言，希望速战速决。岳钟琪献计招降藏军将领公布。岳钟琪见此计已成，又向噶尔弼献计发兵拉萨。并提出昼夜兼程，十日之内可以到达拉萨的建议。噶尔弼认为战机来到，便下令三军火速进兵拉萨，仍命岳钟琪为先锋。
岳钟琪率部马不停蹄，日夜兼程，于康熙五十六年（1717年）八月十九日抵达噶尔濯木鲁。强渡过河，攻下敌堡，歼灭准噶尔军，直逼拉萨山城。藏王达克咱闻清军来救，喜不自胜，亲自率地方政教官员出布达拉宫，在拉萨郊外迎接清军入城。在拉萨兵民的援引下，岳钟琪再派兵扼守拉萨各要冲，并在城内展开搜捕，活捉了策零敦多卜在拉萨的内应喇嘛四百余名，降服协助准噶尔军的藏兵七千余众。至此，拉萨叛乱平定，准噶尔策妄阿喇布坦的阴谋破产。
在平定准噶尔策妄阿喇布坦的的叛乱中，岳钟琪出奇兵，献计策，剿抚并用，以番攻番，崭露出了他运筹帷幄，决胜千里的军事才能，深得噶尔弼的赞赏。康熙六十年（1721年）春，征藏大军凯旋，岳钟琪以无可争议的功绩晋迁左都督；五月，升任四川提督；得赏孔雀花翎。
康熙六十年（1721年）十月，靠近四川、甘肃的青海辖境索罗木发生郭罗克（今果洛藏族自治州）上中下三部落反清叛乱，岳钟琪奉旨率师征讨，督瓦斯、杂谷等地土司所辖土兵，从松藩发兵征讨。由于郭罗克一带多山地深涧，不便马乘奔驰，岳钟琪命改马骑为步行，先攻打下郭罗克诸寨。
下郭罗克以数千之敌据险抵挡清兵，被清兵击败，攻取下郭罗克所属吉宜卡等石碉二十一寨。岳钟琪命部队乘胜出击，再攻中郭罗克，经过一天激战，连取中郭罗克所属纳务等大小寨堡十九座，歼敌三百余，抓获叛军首领酸他尔奔等。
清军士气越旺，挥师再围上郭罗克六寨，叛头目坦增临阵归降，擒获假磕等二十二名叛军首领。于是，郭罗克上中下三部落尽皆平定。这次战役岳钟琪采用以番攻番、以步代骑、速战速决的战术，连战连克，仅用了七十多天大获全胜。捷报到京城，康熙帝高兴之极，授岳钟琪骑都尉世职。
康熙六十一年（1722年），岳钟琪讨平羊峒番，于其地设南坪营（今四川九寨沟县）。
雍正元年（1723年），青海蒙古族和硕特部台吉罗卜藏丹津纠集吹克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴扎布等大小台吉，聚兵十余万人，屡犯西北边陲重镇西宁，劫持了亲王察尔罕丹津，并且扣留并杀害朝廷派去调和的钦差大臣。
清廷闻报震怒，雍正帝下旨，授川陕总督年羹尧为抚远大将军，四川提督岳钟琪为征西副将军、参赞大臣，挥师西征。岳钟琪于雍正元年（1723年）十一月三日亲率六千精锐部队从松藩出发，取道甘南直扑青海。沿途之上凡遇顺从者招抚，抵抗者剿灭。
十二月初十，驻扎归德堡（今陕西榆林），抚定上寺东策卜、下寺东策卜诸番部。岳钟琪命令部队连夜出城，直扑敦策卜。不到半天时间，攻破堡寨二十七处，歼敌数千人。呈库、果密、和尔嘉、沙密等部落（今青海共和、兴海一带）在恐慌中纠集流散武装，占据大石山坚守。岳钟琪率部赶往大石山隘，叛军见清军到来，便群声呐喊，阻挡清军。岳钟琪佯装撤退，待到夜幕降临，岳家军悄悄拔营出发，分左中右三路杀回大石山。左右两翼攻取山头寨堡，中路断其退路。
雍正二年（1724年），岳钟琪授奋威将军。年羹尧部初到西宁，立足未稳，西宁城便被罗卜藏丹津的主力围了个水泄不通，反复猛攻。敌众我寡，形势危急。