清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到乾隆帝倚重，并被授予了相当重要的权力。
在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了林爽文起义，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
由于常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。十一月，福康安一行渡鹿仔港（今台湾彰化西南鹿港），登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围中出而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。终于在乾隆五十三年（1788年）正月，于老衙崎俘获林爽文。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港（今台湾台南县西北盐水镇）观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安弹劾恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。
乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。林爽文起义失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。清廷命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年（1789年）正月，因越南滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
乾隆五十三年（1788年），廓尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。乾隆五十六年（1790年），廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把达赖和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林（福康安堂兄）率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵的廓尔喀。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏。翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
福康安抵藏后，乾隆帝命他迅速出兵作战，不使廓尔喀军队有喘息之机，以尽快收复失地。福康安在各路人马到齐后，即行进剿。乾隆五十七年（1791年）四月二十七日，福康安由今西藏南部边境的第哩浪古进兵，五月六日行至擦木附近，福康安乘夜色潜兵进攻，兵分五队，两路深入敌寨左右山梁堵截；二十八日，终于攻克防守坚固的碉寨，夺取了擦