薛仁贵无奈，只好与吐蕃大将论钦陵约和，才得以退军，然而吐谷浑自此沦陷。薛仁贵叹息说：“今年是庚午年，降娄星当值，不应该到西方打仗，当年魏国的邓艾因此死在蜀国，我本来就知道必然失败。”因为战败，薛仁贵被革职除名为平民。
没过多久，高丽留下的军队叛乱，薛仁贵被起用为鸡林道总管。上元（674年—676年）年间，他又因事获罪，被流放到象州，碰上朝廷大赦才回家。
开耀元年（681年），李治念及薛仁贵旧功，召见薛仁贵，对他说：“以前在万年宫，没有你，朕都变成鱼了。你还曾经替朕消灭过九姓突厥、高句丽，使漠北、辽东俯首称臣，这都是你的功劳啊，朕怎么会忘记呢。但是，有人在朕跟前告你，说你在乌海城下故意放跑了敌人，以致于失利，这件事让朕非常遗憾。现在辽西不安宁，瓜州沙州的路都不能通了，你怎么能安稳地睡在家里，不给朕指挥打仗去呢？”
于是，薛仁贵被重新起用，官拜瓜州长史、右领军卫将军、检校代州都督。
永淳元年（682年），单于都护府（治今内蒙古和林格尔西北）检校降户部落官阿史德元珍投奔于自称突厥可汗的阿史那骨笃禄。阿史德元珍进犯并州（今山西太原）与单于都护府北境，又入侵云州，薛仁贵奉命征讨。
突厥人问：“唐朝的将领是谁？”回答说：“薛仁贵。”突厥人说：“我听说薛将军流放到象州已经死了，怎能复生？”薛仁贵脱掉头盔去见他们，突厥人仔细一看大惊失色，都下马排队拜揖，渐渐逃走。薛仁贵乘势追击，大败突厥军，斩杀上万人，俘虏两万余（一作三万）人，夺取驼马牛羊三万余头，取得云州大捷。
永淳二年（683年），薛仁贵去世，终年七十岁。高宗册赠他为左骁卫大将军、幽州都督。由官府提供车马，护送灵柩返回故乡，另一说埋葬于山东省嘉祥县。
(本章完)