目录说明（同样搬自度娘！）
1．带◆表示尚未改编成动画。
2．每组目录前的“小标题”表示该事件的名称。已动画化的漫画篇目使用对应动画标题（括号中标注对应动画集数），已收入单行本但未改编成动画的篇目使用“Websunday名侦探柯南全事件报告编辑室”网站上使用的事件名称，未收入单行本的篇目不标注事件名称。
3．仅收录漫画原作的漫画目录，漫画特别篇目录请见名侦探柯南特别篇词条。
分集剧情
云霄飞车杀人事件（TV1）
（总File.1）平成的福尔摩斯
董事长千金绑架事件（TV2）
（总File.2）变成小孩子的名侦探
（总File.3）失去声援的大侦探
（总File.4）第六根烟囱
（总File.5）另一个歹徒
偶像密室杀人事件（TV3）
（总File.6）迷糊侦探变成名侦探
（总File.7）沾血的青春偶像
（总File.8）和你相像的人
（总File.9）不幸的误会
赤鬼村火祭杀人事件（TV38）
（总File.10）好赚的跟踪
（总File.11）完美的不在场证明
（总File.12）照片说话了
奇怪的寻亲杀人事件（TV13）*黑衣组织10亿元抢劫事件（TV128）
（总File.13）行踪不明的男子
（总File.14）可怜的少女
（总File.15）追踪高大的男子
（总File.16）恶魔般的主使者
鬼屋杀人事件（TV20）
（总File.17）恐怖的鬼屋
（总File.18）消失的孩子们
（总File.19）地下室的噩梦
豪华客轮连续杀人事件（TV22~23）
（总File.20）籏本家一族
（总File.21）密室的秘密
（总File.22）遗产的去向
（总File.23）一族灭门
（总File.24）黑暗中的杀手
（总File.25）无法实现的梦
每月一件礼物恐吓事件（TV7）
（总File.26）来路不明的赠礼
（总File.27）同一人物
（总File.28）8月3日之谜
（总File.29）千钧一发
美术馆杀人事件（TV8）
（总File.30）盔甲骑士
（总File.31）遗书之谜
（总File.32）原子笔之谜
新干线大爆破事件（TV5）
（总File.33）风声跃起的二人组
（总File.34）特色车厢上的四个人
（总File.35）倒数10秒的恐怖
大都会暗号地图事件（TV4）
（总File.36）意外的藏宝图
（总File.37）译解暗号的ABC
（总File.38）解答与另一