十余年间立储之事争谏不绝。直到皇长子年满十八，到了婚冠的年龄，时任内阁大学士的沈一贯上疏，收到立竿见影的奇效。沈疏中“多子多孙”苦劝明神宗早立太子，神宗遂诏将行册立太子礼，立长子朱常洛为太子。
郑贵妃因此与明神宗闹翻，使明神宗动摇，又借口“典礼未备”，要改期册立太子。此时，沈一贯即将明神宗手诏封还，坚决不同意册立改期。明神宗遂下定决心，于十月十五正式册立朱常洛为太子，封朱常洵为福王。
明朝中期党争剧烈，有名有势的大党有阉党，浙党和东林党，沈一贯即是浙党的领袖人物。
万历二十七年，己亥京察，北察主计人时任吏部尚书的李戴在沈一贯授意下大力打击政敌。
万历三十二年，吏部郎中顾宪成触怒万历帝而遭革职，遂与高攀龙、钱一本等士人在老家无锡东林书院讲学，常评议朝政褒贬人物，形成政治势力，世称“东林党”。同时有宦官集团，网眼遍布朝野，世称“阉党”。与此同时，沈一贯大权在握，遂纠结京师的浙江籍官僚，形成“浙党”，与东林党争锋相对，又与阉党时相唱和。时有小派系，一为以官应震、吴亮嗣等为领导人物的“楚党”，一为以山东籍官僚为主的，称“齐党”，楚党与齐党常依附于浙党，合称作“齐楚浙党”。另有同以地缘关系结成的“宣党”和“昆党”。诸党相互攻讦，相互算计坑害，互不相让，致使党争绵延数十年，朝野不得安宁。
万历三十三年乙巳京察，此次党争以沈氏的全面获胜而终。
万历三十四年，南京吏部给事中陈良训、御史孙居相再次上疏弹劾沈一贯。是谓“京察之争”沈一贯离职后，党争仍不息止，京察一事一闹再闹。
万历四十五年，浙党官员掌管京察，大肆打击陷害东林党人。
万历四十八年，移宫案爆发，东林党人杨涟、左光斗等因“护驾有功”，被重新启用。
天启三年，东林党官员主持京察时，又大力反击，驱逐齐楚浙党人士。
浙党是在沈一贯蒙上箝下、排斥异己、遍置私人的过程中形成和发展起来的。浙党逐步的形成、势力的扩张与沈一贯在朝廷中的地位水涨船高，与万历一朝的国政大事息息相关，而且浙党对万历中后期政局的影响是深远的。浙党是明末朋党中最早形成的一个党派，浙党在沈一贯为内阁首辅的时期保有相当强的朝中势力，左右着当时的朝政大事，使朝中只有浙党之是非而没有公理之是非。
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在东林党崛起的道路上，曾经遇到了以魏忠贤为首的阉党的强烈打击。
天启四年，给事中傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，上书诬告中书汪文言，并且连及左光斗、魏大中。汪文言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。执掌镇抚司的刘乔接受叶向高的教导，不给汪文言定罪。魏忠贤大怒，将刘乔撤职除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责。于是副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解。韩火广不答应，他便跑到熹宗面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他。熹宗懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏