号并遣使献贡，但又派人到大庾岭一带伐木，秘密准备北伐船只。
义熙六年二月，卢、徐乘刘裕北伐南燕，东晋后方空虚之际，分两路北上。一路由卢循率领越五岭，经长沙、巴陵直指江陵。一路由徐道覆率领直下庐陵、豫章，大败官兵，杀江州刺史何无忌。卢、徐即合兵东下，五月，在桑落洲大败晋大将刘毅，军抵淮口，直逼建康。此时义军战士十余万，舳舻千计，楼船高达十二丈，舟车百里不绝，朝廷一片慌乱，刘裕星夜赶回，仓促应战。
徐道覆主张立即登陆与刘裕决战，卢循多疑少决，贻误战机，使刘裕得以集中兵力，周密部署。义军小挫，卢循下令退却。十月，义军西攻江陵，不利。十二月，义军与官兵在大雷、左里相继展开死战，损失惨重，南退番禺。但此时番禺已被官兵抢先占领。次年三月，卢循攻番禺不下，转至交州，四月，兵败自杀。
同年二月，徐道覆亦牺牲于始兴。天师道之乱逐渐平息。
而不管是作为天师的孙恩等人，王凝之等在战乱中被杀的东晋高官，有不少人同样是天师道的信徒。
而在孙恩之乱之后，天师道在南朝地区的主掌者陆修静就进行对南朝地区的天师道的改革。
在东晋南朝时期，道教在组织形式上发生了重大变化，其主要表现是祭酒制的衰落和道官制度的兴起。祭酒制度为早期道教之旧制，其基本特征是“立治置职”，道官祭酒“领户化民”，实行****之统治。
为实现道官祭酒与道民的统属关系，天师道制定了三会日、宅录和缴纳命信等制度。规定在三会之日，道民必须到本师治所参加宗教活动，登记检查“宅录命籍”，听道官宣布科禁，考校功过。道官凭此向天曹启告，请天神守宅之官保护道民家口安全，禳灾却祸。
自魏初天师道北迁至晋宋之际，出现了组织混乱，科律废弛的严重局面。当时许多道民在三会之日不赴师治参加集会，不报户籍，不交租米命信。一些道官更“妄相置署，不择其人，佩箓惟多，受治惟多，受治惟大，争先竞胜，更相高下”，“纵横颠倒，乱杂互起，以积衅之身，佩虚伪之治箓。身无戒律，不顺教令，越科破禁，轻道贱法。恣贪欲之性，而耽酒食，背盟威清约之正教，向邪僻袄巫之倒法”。
祭酒制度的腐朽败落，就失去了“清约治民”，使“道化宣流，家国太平”的作用。在这种情况下，陆修静乃提出一套整顿和改革的措施。
首先，陆修静禁止道官自行署职，实行按级晋升的制度。他认为，普通民众须有功德，才能受箓为道民；道民受箓之后，有功者才能升迁。
从受十将军箓依次升至受五十将军箓，再从箓吏依次晋升散气道士、别治道官、下治道官、配治道官，以及下、中、上八治道官。其最高者，即“能明炼道气，救济一切，消灭鬼气，使万姓归伏”的道师，才能拜署上八治中的阳平、鹿堂、鹤鸣三治道职。
其强调“采求道官，勿以人负官，勿以官负人”的组织措施。为健全三会日制度，他重申，三会日“民各投集本治师，当改治录籍，落死上生，隐实口数，正定名簿。三宣五令，令民知法。其日，天官地神咸会师治，对校文书。师民皆当清静肃然，不得饮酒食肉，哗言笑。会竟，民还家，当以闻科禁威仪教敕大小，务共奉行”。
同时，他还针对“宅录”制度严重混乱的状况，规定每年三会日之最后一日，作为登记、审核宅录的最后期限，其日，每个道民都须赍阈胖帘臼χ嗡，由本师给以注籍，以便道官“领户化民”。
第二，陆修静十分重视道教斋仪的作用，认为“斋直是求道之本”，主张“身为杀盗淫动，故役之以礼拜；口有恶言，绮妄两舌，故课之以诵经