1798年，拿破仑率领的法国军队在远征埃及的途中，将骑士团从马耳他岛上赶了出去，骑士团再度沦落天涯，直到1834年才在意大利的罗马扎了根。此后，它们再度转向经营慈善事业，一直延续到今天，其名称也改为“耶路撒冷、罗得岛和马耳他圣约翰军事护理人员骑士团“。
而马耳他骑士国的军队就是著名的医院骑士团。
在马耳他骑士国成立之前，医院骑士团全称是“耶路撒冷圣约翰医院骑士团”，又被称为圣若翰骑士团，成立于1099年，最初是由法国贵族Gerard和几名同伴在耶路撒冷的圣若翰洗者教堂附近的医院里成立，主要目的是照料伤患和朝圣者。
由于朝圣者无私的付出让医院修会迅速发展，从1110年起修会同意将分散耶路撒冷的领土的财产，可以交给医院骑士团。
1113年，教廷承认他们是独立的修会，并赐予他们一系列的经济、政治特权，如无需缴纳十一税，无需接受任何政权的领导，只受教皇节制。
医院骑士团的会规以奥思定会的会规为基础制定。骑士团的成员分为教士、骑士和士官，以及会友或受赠者。骑士团由一位大团长统治，并有教士会议和八位法官协助。其组织和圣殿骑士团十分相似，但对于慈善事业上表现更为显著。
耶路撒冷圣约翰医院骑士团成立时只是一个行善的组织，从1120年才开始作为一个军事修会进行活动，以武力保护朝圣者免受异教徒攻击，并发展成为耶路撒冷王国的一支重要军事力量，对耶路撒冷的政局也有很大的影响力。
它在耶路撒冷王国拥有7座大的要塞，140多座其它建筑。耶路撒冷王国国王鲍德温四世去世后，当时医院骑士团的大团长Roger?de?Moulins反对居伊继任，可惜没有成功。后来在1187年哈丁之战中，医院骑士团也派出主力参战，由于指挥上的失误，包括医院骑士团、圣殿骑士团在内的基督教军队几乎全军覆没，医院骑士团大团长Roger?de?Moulins战死。
由于巴勒斯坦的基督教王国被阿拉伯人击败，1291年，骑士团放弃了巴勒斯坦，前往塞浦路斯，在那儿没待多久，1309年又撤到罗得岛。在罗得岛，骑士团用海军阻止了******向东地中海地区的扩张。
当1453年君士坦丁堡落入土耳其人的手里时，罗得岛上的圣若翰骑士团是整个东地中海地区唯一的基督教力量。
在罗得岛的抵抗一直持续到1522年。那一年，苏莱曼一世指挥20万军队乘坐着400艘战舰来到罗得岛，而岛上的骑士团只有7000名士兵，虽然实力对比悬殊，但骑士团依然独立坚守了6个月，土耳其军队至少有5万人在战斗中丧生。最后骑士团与土耳其人达成协议，骑士团撤出罗得岛，前往欧洲。
在欧洲的7年时间里，耶路撒冷圣约翰医院骑士团多次迁徙，居无定所。到1530年，奉教皇克雷芒七世和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令，医院骑士团来到马耳他岛，每年象征性地向西西里王国缴纳1马耳他鹰币作为租金，在岛上骑士团建立了马耳他骑士团国。
土耳其人对骑士团的卷土重来显然很不安，1565年，苏莱曼一世派出大军进攻马耳他。这场大战一开始和上次在罗得岛的大战很相似：骑士团苦苦支撑，绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。
就在骑士团眼看要支撑不住时，从西班牙来了一支援军，战场局势顿时扭转，土耳其军队仓惶撤退，损失达到3万余人。这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。
1571年，土耳其人认为海军发展得差不多了，再次起兵企