清吾没有过于着急的前往码头，而是先去了神奇宝贝中心，取出了一只精灵，暂时保存在小遥那里，因为小遥只有五只精灵（算上蛋），但是清吾没有说那是什么精灵，只是让小遥帮忙带着，过了一阵，清吾才前往码头去租船。码头上，清吾问小遥：“你会潜水吗？”
“哦，潜水吗？会一点啊，怎么了？”
“嗯，那就好，我去买一套潜水用具，一会儿带你去玩潜水。”
“啊？不是说去废船吗？”小遥惊讶的问道。
“嗯，可以一起啦。”清吾说完话就带着小遥去一家潜水用具店了，神奇宝贝里潜水用的不是氧气瓶那种沉重的东西，是一种可以随时随地传输氧气的小型设备，具体原理什么的我们不去深究。而且在神奇宝贝的世界里，还没有水下压强对身体的影响，非常特别。
所以清吾只是买了两盒呼吸加交流面罩，和四个推进装置，那是一种小的，像鞋一样穿在脚上的可以想后面提供推进的东西，很神奇吧？
清吾租来了船，蓝色灵魂号，一艘私人快艇，并不是很大，但是分上下两层的，而且经过了改装，可以下潜一定的深度。
“小遥，你看就是前面了！”清吾指了指前面比较远的地方的一艘船，说道。小遥顺着清吾指的方向看去，的确是一艘废船，看起来是触礁了，但是没有完全沉默，仍然有一部分船体浮在海面上，或者说好像是有什么东西把船顶在了礁石上。
很快两个人登上了那艘废船，清吾提来了装着装备的背包，防水背包。但是清吾先放出了宫本和头领蛙，利用头领蛙的呱呱泡沫一行人顺利登上了废船，不过废船看起来有些年久失修，清吾像个领导一般下了指令：“宫本，你跟紧小遥，头领蛙，你跟着我。都要小心地下的甲板是否结实，不要掉下去了。”
总算是有惊无险的走到了通往二层甲板的楼梯口，但是清吾如果要向下面走，就没有路了。“哦，没有路了，头领蛙，用呱呱泡沫铺一条路，宫本，用寄生种子固定船体。”
头领蛙丢出了白花花的呱呱泡沫，顺着楼梯的走势铺出了一条路。宫本则是后退了两步，向四周种下了寄生种子，然后的一瞬间，藤蔓就长了出来，将船体一些危险部分固定住了。
“谢谢你们，宫本，头领蛙。我们接着走。”二层的收获还是比较大的，小遥捡到了，而清吾则是发现了与其对应的仓库的门，清吾在仓库里见到了一个串着蓝色水滴的项链，有些脏，但是很漂亮，小遥还是发现了比较重要的探知机，虽然清吾并不知道那是干什么用的，但是清吾知道可以把他交给库斯诺馆长。
一行人算是把二层转遍了，才发现三层已经完全被水淹了，清吾收回了宫本，放出了迷你龙，和提前存在小遥那里的美纳斯，两个人的精灵蛋自然是没有带，就带起装备潜入了三层甲板。
三层很开阔，也没有什么有价值的东西，一行人继续下潜到了四层，只有一个比较大的房间和一个比较小的房间。在那个比较大的房间里，清吾看到一只非常奇怪的黑色的神奇宝贝，还带着一个项链，蓝色的，在相机下面闪着耀眼的蓝色的光芒。小遥则是没有什么发现，两人就离开了三层。
四层，回折曲转，楼道层层叠叠，似乎有探索不尽的道路。突然迷你龙咬了一下清吾，游向了墙壁上的一个小洞窟，似乎是发现了什么。
“滚出去……”一股幽深而恐怖的声音从洞内飘来。
小遥也听见了这令人毛骨悚然的声音，对清吾说：“清吾，你听见了吗？”
“听到了。”
“我们还是要进去吗？”
“嗯，进去，我们要帮助它。”