永乐十九年，朱棣诏令“六部政悉移而北”，正式以北京为京师，诸衙门不再称行在，而留在南京的对应衙门则在名称前加“南京”二字。此时，南北两京的地位便调了各个：北京的吏部行文时直称“吏部”，而南京的衙门要称“南京吏部”。
永乐二十二年，一代强人朱棣死于北征途中，朱高炽继位，是为明仁宗。与其父朱棣不同，朱高炽幼年和监国期间在南京生活多年，对南京具有深厚的感情。朱高炽一上台就放出当初反对成祖北迁的夏原吉，并下令，北京中央机构均加“行在”，而南京衙门去掉“南京”二字，来年春天返都南京。也就是说，三年后，南北两京的地位又换了回来，南京又一次成为大明帝国的正式首都，而北京则降为陪都。
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