恐慌并没有影响到辞旧迎新中的广州城。但仅仅只隔了两周，恐慌开始波及距广州只需不到两个小时路程的中山市。1月16日，“不明病毒”传言肆虐中山，“非典型肺炎”的病例在中山出现了。患者的症状起初都是发烧，持续一周后就出现高热不退，但没有特效抗生素可以抑制，有的还出现肺功能严重受损等，需要呼吸机治疗。令人恐慌的是这种疾病的传染性。据记者了解，中山市某医院的一些医生和实习医生，因为当时并不知道这种病具有传染性，没有及时防护而被感染。记者当时在中山采访，有关部门对这一问题讳莫如深，十分回避，拒绝透露任何消息。
据《信息时报》报道：对于记者的求证，中山市疾病控制预防中心一负责人毫不犹豫地表示：“没有，中山市根本没有流行什么肺炎，这都是谣言，市民不必过度恐慌。”与此同时，广东省卫生厅疾病控制处的有关负责人也向记者表示：“目前没有收到任何关于中山市肺炎流行的疫情报告。”他们同样表示，只是天气原因使感冒患者增多。但是河源狂抢药品的一幕又在中山重演。
1月底，疫情传到离广州更近的佛山市。1月25日左右，佛山市顺德区人民医院传染科、呼吸科非典型肺炎病人骤增，需要到其他科室调用护士。这一消息经传播后，畸变为“医院已死了好几个护士，禽流感大流行”了。
1月31日，农历除夕，记者在顺德区街头采访，发现路人大谈罗红霉素防病法(每天两次，每次两粒，连服三天)。同样，罗红霉素等药品再次被排队抢购。“禽流感”、“死亡”、“医生大批大批被传染”等传言传得人心惶惶，除夕年夜饭前夕，记者甚至发现一向无鸡不欢的顺德人，对农贸市场上的活鸡也不敢购买了。
2月初，广州市，情势恶化。据《新快报》报道，在广州市出现的最早一例非典型肺炎病人是来自广州火车站的一名小贩。这位患者在2002年11月28日入住广州军区总医院呼吸内科，12月28日治愈出院。这位患者是30多岁的男性，当时是因为高热入院，入院后两天，原本不明显的肺炎很
快发展为呼吸衰竭，后经过一周左右的呼吸机支持治疗后，情况渐渐好转。当时患者使用了当今最为优秀的抗生素之一“泰能”，肺炎仍然无法得到控制，这是非常少见的。
由于长期使用各种抗生素，患者后来出现了合并感染。对合并感染，选用现有的抗生素都能奏效，惟有初期的严重肺炎无法找到病原体，更没有抗生素能控制肺炎的发展。当时医生给这位患者下了“重症肺炎”的诊断，实际该患者所得的应属于现在所说的非典型肺炎。
就在这位患者入住广州军区总医院治疗期间，从12月中旬开始，河源陆续有非典型肺炎患者被转到广州军区总医院治疗，其中包括一名被感染的医生。至2003年1月17日，广州军区总医院已经收治了来自中山、清远、深圳的大约10例非典型肺炎病人。1月18日中山大学附属第二医院(下简称“中山二院”)开始收治8名病人，病人病症与广州军区总医院收治的病例相近，分别来自顺德、东莞和广州市芳村区。
1月31日晚上7时开始，中山大学附属第三医院(下简称“中山三院”)也陆续收到外院转来的三名非典型肺炎患者，其中包括一名10岁的广州男童。三人病情都十分严重，一入院就要上呼吸机。中山三院集合了儿科、传染科、呼吸科等科室专家从除夕夜一直通宵达旦抢救到次日上午，连续工作长达12小时。据一参加急救的医生称，当时一名患者出现呼吸衰竭，需要立即插管抢救，一插入管子，患者肺部的痰液像喷雾一样飞溅出来，在场不少医护人员脸上、手上、身上被溅得到处都是。2月3日晚，病情最严重的10岁男童不治身亡，这是迄今为