搏斗阻止了这架飞机撞向目标。而这次的“12.9”，这架飞机却是成功的撞向了预定目标——美国国会大厦。
美国人把国会大厦称为Capitol，把它看做是民有、民治、民享政权的最高象征。国会大厦1793年9月18日由华盛顿总统亲自奠基，位于华盛顿25米高的国会山上，是美国的心脏建筑，1800年投入使用。1814年第二次美英战争期间被英国人焚烧，部分建筑被毁。后增建了参众两院会议室、圆形屋顶和圆形大厅，并多次改建和扩建。它是一幢全长233米的3层建筑，以白色大理石为主料，中央顶楼上建有出镜率极高的3层大圆顶，圆顶之上立有一尊6米高的自由女神青铜雕像。大圆顶两侧的南北翼楼，分别为众议院和参议院办公地。众议院的会议厅就是美国总统宣读年度国情咨文的地方。
国会大厦东面的大草坪是历届总统举行就职典礼的地方。站在大草坪上看去，国会大厦圆顶之下的圆柱式门廊气势宏伟，门廊内的3座铜质“哥伦布门”，质地厚重，其上雕有哥伦布发现新大陆的浮雕，大门内即为国会大厦的圆形大厅。在圆形大厅，可以看到美国政治的缩影。圆形大厅四壁挂有8幅记录美国历史的油画，而55米高的穹顶上，则是19世纪意大利画家布伦米迪及其学生所绘的大型画作，画面中心为美国开国总统华盛顿，华盛顿身侧分别为胜利女神和自由女神，画面中的其他13位女神则代表美国初立的13州。大厅所立的杰出总统石雕，每一尊都是一个时代。圆形大厅南侧还设有专门的雕像厅，其内为美国50州的名人像，合立一堂，是美国凝聚力的象征。
而这样一个美国代表性的建筑物，最终在这架客机的袭击下，彻底化作了一片废墟，而且直接导致十二名国会议员丧生，一百多名国会大厦工作人员遇难。
在劫机过程中，劫机者使用武器刺伤或杀害飞行员、空中乘务员和乘客。飞机上与外界取得联系的乘客报告称，劫机者使用刀刺伤乘务员，并且在其中两次劫机事件中至少有一名乘客被刺伤。有一些乘客设法使用机舱电话和手机与外界取得联系，并提供了有关劫机的一些细节。这些细节包括：每架飞机上都有好几名劫机者；劫机者使用梅斯毒气或者其他有毒化学喷雾器，例如催泪瓦斯或者胡椒喷雾；一些机上人员被刺伤。有两架飞机上的空乘人员和乘客都提到劫机者有炸弹，但是其中一名乘客提到，他认为炸弹是伪造的。在撞击地点没有发现爆炸的痕迹，因此事后认定炸弹可能确为伪造。
世贸中心的三幢大楼由于结构损坏而在袭击当日倒塌。南座大楼（世贸2期）在遭受联合航空175号航班撞击后，燃烧了56分钟，大约在上午9:59倒塌。北座大楼（世贸1期）大约在燃烧了102分钟后，于上午10:58分坍塌。在其坍塌时，碎片严重损坏了临近的世界贸易中心七号大楼（世贸7期）。7号大楼的结构完整性又受到大火的进一步侵蚀，终于在当天下午5:20倒塌。袭击事件令曼哈顿岛上空布满尘烟。
上午8时46分－10时29分：至少有20名（主要集中在北楼）被大火和浓烟围困在大楼顶楼的人员从高空跳下。有证据显示在遭袭击后北楼中部很大一块区域立即坍塌，或许这是让这些人以为大楼很快就要坍塌而跳楼求生。一名位于底层的消防队员被一名从天而降的跳楼者砸死。由于烟雾与上升气流太过浓烈，空中救援活动无法进行，而且纽约市本身就缺乏专门进行空中救援的直升机。
五角大楼遭到局部破坏，部分结构坍塌，被袭击的部分刚刚翻新过，还没有完全投入使用，但是仍然造成五角大厦西翼百余人丧命；国会大厦几乎被疑为一片平地，留下一地的残垣断壁。
这次袭击造成了全美新闻机构和空中交通管