手的他无可奈何，只能在暗地里筹备计划。可汗制作了一批先进的光子鱼雷，并将自己的七十二个族人装入其中，准备携带自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行动被亚历山大·马库斯发现了，无奈之下他只能只身逃亡。可汗虽然逃了出来，但他的七十二个族人却落进了马库斯手中。可汗觉得自己的七十二个族人肯定会被马库斯全部杀掉，于是开始了一条复仇之路。
作为一个精锐战士，可汗为复仇制订了详细而缜密的计划，并将其付诸实施。首先，可汗要将位于伦敦，表面上是星际舰队的档案馆，实则为31区分部的机构毁掉。
为此，可汗找到了一个在31区工作的星际舰队文职军官。这位军官有着一个身患重症，即便以星际时代的医学也无法治愈的女儿。而作为基因改造人的可汗，拥有着细胞重生的能力，而他的血液更是万能良药，可以将这种能力带给受血者，治愈任何疾病。可汗很清楚一个人会为了自己的亲人付出所有，于是他跟这位军官达成了协议。
可汗答应用自己的血液救活军官的女儿，而军官则为可汗炸掉31区分部，并给马库斯上将发一份邮件，宣布可汗与联邦星际舰队之间处于战争状态。
为了让自己的女儿远离病魔的折磨，军官毅然答应此事，在亲眼见到血液起效后，军官带着制作出一枚戒指的超级炸弹，在可汗的一路监视下进入了31区。很显然，可汗以军官女儿的安危威胁他，刺杀一个人对可汗来说实在是太容易了。
一个父亲为了自己的女儿铤而走险，并且搭上了许多人的性命，这样的行为即无私又自私。无私是因为他根本不在乎自己的性命，自私是因为他救一人却杀死了四十二人。
星际联邦内部已经安宁许久，四十二人死亡的爆炸事件足以引起全面关注。爆炸发生后，按照联邦舰队的规章条例：联邦星际舰队的设施受到袭击时，高级指令会召集星舰舰长和大副们到旧金山市的星际舰队总部，在紧急会议室召开紧急会议。
已经熟悉联邦星际舰队规章条例的可汗早就计划好了一切，就在所有人以为他在逃避星际舰队的追捕时，他偷取了一艘没有曲速航行能力，防守不严的普通逃生飞船，并进行了武装，直接杀到了旧金山市的星际舰队总部。已经习惯了使用星际战舰交战，早就忘却了近身刺杀的联邦舰队的高层指挥官们，就在这间紧急会议室内遭到了可汗的屠杀。
大批的星舰舰长和大副死去，让可汗一泄心头恨，然而还不等他杀掉罪魁祸首马库斯上将。一向不走寻常路的詹姆斯·泰比里厄斯·柯克出手了，被剥夺了企业号舰长一职，降为大副的柯克也恰好来此开会。在使用来福相位枪攻击逃生船无效后，柯克用消防栓毁掉了逃生船的进气装置，进而使逃生船坠毁。
但早有准备的可汗，使用便携式空间扭曲发射器逃离了地球，直接抵达了克林贡帝国的一颗星球——克罗诺斯星上的无人区内。
在清理坠毁的逃生船残骸时，企业号星舰的轮机长斯科特发现了里面的便携式空间扭曲传送器，从而找到了可汗的藏身之处。而星际联邦正与克林贡帝国处于敌对状态，联邦的星舰哪怕只是接近克林贡帝国的地盘，都会挑起全面战争，星际舰队根本无法冒着挑起战争的危险去追捕他。
詹姆斯·泰比里厄斯·柯克的人生导师克里斯多夫·派克将军，也在此次袭击中身亡，对可汗痛恨不已的柯克毛遂自荐，请求马库斯上将恢复他企业号星舰舰长一职，前往克林贡帝国克罗诺斯星抓捕可汗。
而早就想除掉心头大患可汗，并名正言顺的和克林贡帝国开战的马库斯上将则顺水推舟，答应了詹姆斯·泰比里厄斯·柯克的请求。在派出企业号星舰的同时，马库斯上