李斯迅速“响应”皇上号召，上书狠批淳于越。他首先澄清历史事实，认为“历史上五帝的制度本来就各不相同，夏、商、周三代也有制度更替，根本不是一成不变的。”这话说得在理，符合事实，也体现了李斯与时俱进适者生存的哲学观。李斯不但认为淳于越效法夏商周三代的意见不可取，而且一针见血地指出：“我大胆地说一句，古代之所以天下大乱，就是因为有许多诸侯并立，相互争斗无穷无尽。”多国并立，强国欺负弱国，大国欺负小国，永远无法避免，只有书生才会幼稚地认为可以用仁义道德来约束强者不欺负弱者。李斯看出书生们喜欢过去制度的原因，正是因为“诸侯并立，极力招揽游学之士，使书生们有了投靠谋生的对象，谈天说地的舞台。”李斯不留情面地指责死抱着儒家经典不放的书生们：“现在天下已经一统，有些人还是不安分守己，与朝廷唱对台戏，无非是想标榜自己的那一套学说，哗众取宠争取民意。”这分析也算深刻，但李斯最后提出来的建议却做得很绝：
“我请求：凡不是秦国的史书全部烧掉；凡不是博士官所主管，由私人收藏的《诗》、《书》、诸子百家等著作，通通上交到郡守、郡尉那里集中烧毁。今后如有敢于两个人以上聚集一起谈论《诗》、《书》等著作的，处死街头；敢于颂扬古代非议当代的全家灭族；官吏知情不报的与之同罪。命令下达30天还敢持书不烧的，处以脸部刺字、发配修建长城的惩罚。留下来不烧的只有医药、占卜、种树一类的实用书籍。今后人们学习法令，可以拜官吏为师。”
李斯这个建议杀气腾腾，火气冲天，他要一把火烧掉书生们手里的武器——他们奉为金科玉律的圣贤之书，他要让人们对历史的记忆清零，他要让历史从今天开始，从伟大的秦帝国开始。秦始皇对这份上书非常满意，他这位忠心耿耿的丞相为了帝国的长治久安，敢说敢为，不怕得罪广大儒生，公开揭穿他们的心思和花招，将秦始皇想说而又不方便说的话说了出来，充当了君主的喉舌和打手。李斯灭绝性质的政策建议，符合秦始皇凡事要彻底解决问题的思维习惯。这种政策由臣下提出来，交皇上圣裁比皇上自己提出更为合适。
秦始皇对古代典籍有自己的看法，他觉得像《尚书》这一类政治文献，由帝王和大臣学习掌握就可以了，普通民众实在没有必要去了解那么遥远的古代圣贤君主的传说和言论，何况这些传说和言论是真是假，已经无人能辨，天知道后世文人是否曾经按照自己的口味对历史进行过窜改，孔子本人就曾重新修订编排过从古代传下来、残缺不全的《尚书》和其他典籍。秦始皇对《尚书》的一些说法不太感冒，特别是像“民惟邦本，本固邦宁”这种政治观点，他觉得在民众中宣扬等于给普通老百姓抬轿打气，使他们以为他们才是国家的基石和根本，这对帝王约束人民强化统治不利。而《诗经》这一类基本上由各国民间诗歌汇编而成的书籍，思想观点太过斑驳，反映的主要是普通百姓的心声，流露的是升斗小民的情趣，跟秦始皇身为帝王的境界追求相差太远。尤其是有的作品妄自非议秦国君主，更是让他无法接受。《诗经?黄鸟》直接给名批评秦穆公以活人殉葬，殉葬者不仅有奴隶，还有当时公认的良臣，包括子车氏三兄弟：“谁从穆公？子车奄息。”为这三兄弟呼天抢地鸣不平：“彼苍天兮，歼我良人！”甚至提出要以上百条性命换回这三兄弟：“如可赎兮，人百其身。”成语“百赎其身”即由此而来。秦始皇憎恨这种公开秦国王室丑恶、以下犯上的言论，他觉得最好将记录这些言论的书籍一把火烧掉，使其永远不能再“流毒”于天下。
秦始皇本人是酷爱读书的，书使他增长见识，对他帮助很大，但他却不希望别人也由此得益长见识，他考虑一切问题的基点都在于维护自己的统治，凡不利于政权稳定的